目前生產上推廣的抗蟲棉都是轉基因抗蟲棉， 是外源Bt基因等導入棉花體內後經選育而成， 因此與常規棉相比具有以下不同特點：
一、營養生長勢稍弱
棉花植株體內的外源抗蟲基因在其表達過程中， 對自身的內源激素的含量與分佈產生了較大的影響， 導致抗蟲棉生長點赤黴素含量下降， 分佈減少， 因此在同等條件下抗蟲棉的營養生長勢不及常規棉。 在生產上表現為植株略矮、株型較緊湊、葉片稍小等。 實際表現為果枝多， 葉枝少。 當然果枝和葉枝生長主要受溫度影響， 低溫長葉枝， 高溫長果枝。 如2017年棉花果枝多， 葉枝少而短；而2016年表現為葉枝長的旺！
二、對某些氣候因素較為敏感
近幾年的研究表明， 抗蟲棉特別是常規抗蟲棉(非雜交棉)對高溫較為敏感， 在高溫條件下花粉敗育或授精不良， 導致蕾鈴大量脫落或棉鈴較小、畸形等;部分抗蟲棉品種則對水分較為敏感， 抗濕性較差， 在生產上表現為根系發育不良， 後期易早衰。 實現表現為雜交抗蟲棉受高溫影響， 纖維短而粗， 馬克隆值偏高現象， 如2015年和2017年雜交棉產區棉花品質表現。
三、對鉀營養需求較高
近幾年實踐表明， 抗蟲棉對鉀的需求大於常規棉， 在同等條件下比常規棉高20%左右。 因此， 如鉀肥投入不足， 造成棉花發育不良、蕾鈴脫落增加、鈴重和品質下降， 缺鉀嚴重的導致棉花脫葉早衰。 雜交抗蟲棉表現為缺鉀， 紅葉早衰， 尤其是惡劣天氣的影響， 8月中下旬如遇低溫、大雨或風災的影響，
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