臺灣當局教育部門27日作出決定， 確定駁回管中閔當選台大校長資格。 臺灣大學28日早發表聲明表示深感錯愕， 並對教育部門的決定表達遺憾與強烈異議。
中新網援引臺灣媒體報導， 臺灣大學聲明稱， 本校校長遴選委員會于2018年1月5日依法辦理校長遴選， 順利選出管中閔教授為校長當選人， 一切合乎規定， 並送教育部門聘任。 教育部門於27日晚做出不聘任的決定， 本校深感錯愕， 並對教育部門的決定表達遺憾與強烈異議。
聲明稱， 教育部門此舉恐造成大學校長遴選之寒蟬效應， 不僅不利於臺灣高等教育之未來發展， 也已經對於臺灣大學發展產生重大負面影響。
國民黨表達強烈遺憾， 嚴厲譴責教育部門負責人吳茂昆， 並提出四點說明。
國民黨認為， 教育部門此舉是雙重標準， 吳茂昆的個人爭議更大， 涉侵佔專利權一案的情節更嚴重， 用“拔管”案標準來檢視吳茂昆的爭議，
國民黨質疑， 台大遴選委員都是具有高度社會清望的公正人士， 而“拔管”案官員的道德標準會比台大遴選委員的道德標準還高嗎？
台教育部門確定駁回管中閔的台大校長聘任案後， 藍營出現一些力拱管中閔出馬參選臺北市長的聲音。 有線民在網上貼文指出， 管中閔若真的參選， 那臺北市的145萬票中， 至少60萬票先被管爺拿去。
據報導， 台大今年1月選出新任校長管中閔， 原定2月1日上任， 但台當局教育部門遲未核定， 最終於4月27日確定駁回管中閔當選台大校長資格。