雞壞死性腸炎是由產氣莢膜梭菌引起的一種疾病， 以排紅褐色乃至黑褐色煤焦油樣稀糞為特徵。 容易將雞壞死性腸炎和雞的小腸球蟲病混淆。 急性雞壞死性腸炎和雞球蟲病的主要區別並不在於血痢， 最重要的鑒別點是壞死性腸炎僅小腸的中後段病變， 腸管因充氣而明顯膨脹增粗2～ 3倍， 其他腸段無明顯變化， 而小腸球蟲病的病變主要在中段， 但腸壁明顯增厚， 剪開病變腸段出現自動外翻等。 此外， 還需綜合臨床症狀、病原學檢查來作出鑒別診斷。
魏氏梭菌是雞腸道的常在菌， 檢出少量該菌不能診斷為主要病因， 特別是對於病死雞， 更要細心診斷， 該菌可能是其他病致使雞隻死亡後才侵入增殖。 所以在病原學檢查時要搞清楚， 只有出現大量均勻一致的魏氏梭菌才可能是主要病因， 如果有條件做梭菌毒素測定， 診斷更準確。 單獨用產生莢膜梭菌接種來複製本病相當困難，
腸道梭菌易與雞球蟲病合併感染， 甲硝唑對梭菌效果好， 但對球蟲作用效果不明顯， 故一般在治療過程中可適當加入一些抗球蟲藥。
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