後世很多人一提及秦始皇， 便想到“焚書坑儒”， 並將其當作秦始皇殘暴， 毀壞歷史、文化之所謂依據， 不知真正準確史實。
秦始皇雖然武力征服了六國， 仁慈所致， 並未趕盡殺絕， 六國中妄圖恢復過去勢力者大有人在。 利用思想、文化干擾， 欺詐、行騙、詆毀新政、干擾正道， 以至復辟， 則是秦始皇面臨之嚴峻考驗。
保護正統文化、統一原六國民眾文化規範勢在必行。
當年， 秦始皇採納李斯意見， 解除逐客令用各國人才， 即使是統一各國後， 淳於越在酒會上進言不法古不長久， 秦始皇也沒殘暴革殺而是讓丞相府討論得失。 當被扶蘇當面批判嚴邢重法天下不安， 他卻怒將扶蘇外放——但是卻外放到他最寵信的蒙氏家族大將蒙恬身邊監軍， 而對蒙恬的評價， 李斯也自歎不如。 而後病危立扶蘇， 足見其用意， 足見秦始皇並非不納諫聽言之人。
那麼為什麼還會有焚書坑儒導致其被非議數千年？
焚書坑儒， 源自于面對始皇帝國策的表裡不一。
秦始皇認為正因為有諸侯國， 才有春秋五霸戰國七雄天下苦戰， 再效法那一套分封諸侯國， 難以久安。 於是大刀闊斧的設郡縣收兵器， 書同文車同軌。 可是有些人搞私學，
於是秦始皇採納李斯建議， 明法度定律令， 收去詩書， 設立官辦學校。 ——所以焚書目的“使天下無以古非今”。
盧生坑蒙拐騙， 明明自己拿不到仙藥， 非說有怪力亂神皇帝修行不夠。 秦始皇倒較真了， 有鬼怪就殺鬼怪， 修行不夠就好好修行， 連“朕”都不要了， 要叫“真人”。
這下盧生騙子們急了， 把秦始皇衡石量書日夜有呈的勤政治國說成貪權， 並說不能為秦始皇求仙藥——這是在新政之初把秦始皇當作一害， 把求不到仙藥解讀成是不給他求， 把不給他求解讀成是替天除害， 這誰忍得住？
通過此事， 秦始皇發現去掉那些不中用的書， 廣求文學方士術士以求太平做得有漏洞啊， 沒能剔除那些妖言惑眾的毒瘤， 於是開啟了清洗。 那些人相互攀咬搞死了四百六十多人！假設那幫自命清高正義善良的“有識之士”沒得那麼多血口噴人含沙射影的人， 是不是會少牽連些？
於是借著焚書坑儒的勁， 本就與各大學派各國遺民， 有重大分歧的秦始皇，