傳說，當年文成公主進藏的時候，陪嫁的東西十分豐富，
其中最有價值的，是一樽據說被佛祖親自開光過的釋迦摩尼等身佛像。這尊佛像在去往西藏的路上，由漢力士賈伽與魯伽兩個人用木車運送。但是，當木車到了小昭寺的時候，車輪忽然沉陷在沙地中。車隊中沒有人能把輪子給推出來，隨行的人想破了腦袋也整不明白這是怎麼回事，索性就在木車的四面立了幾根柱子，在柱子上覆蓋白綢，將佛像供養在此地。
篤信佛教的文成公主知道這件事，
掐指一算後發現，這地方是龍宮的所在地。於是她決定把釋迦摩尼佛像放在這裡，建寺供奉，這樣就可以鎮懾龍魔、使國運昌盛。一年之後，小昭寺建成，松贊干布為這個寺廟擺設了筵席進行開光，聲勢十分壯大。小昭寺在當時受到非常多的朝拜，但松贊干布死了之後，這個寺廟又回歸了清冷。
大概是因為小昭寺是文成公主主持修建的緣故，這座寺廟有著非常明顯的漢族特色，
所以當地的藏民也管這兒叫做“熱木齊”，翻譯成漢語就是“漢人的”意思。除此之外，小昭寺曾經還是藏傳佛教格魯派密宗最高學府之一，每年藏曆十二月二十三日至二十九日，這裡都會舉行隆重的年祭。傳聞小昭寺裡的學習非常艱苦，嚴格到很多僧人為了達到標準，幾乎整晚都要打坐修法，加上寺中生活清苦，只有清茶糍粑，很多僧人剛入學就受不了退學了。
但是能夠熬過小昭寺學習磨練的人，最後幾乎都成為了密宗的大師。這一看，雖然小昭寺在外形上比大昭寺更簡陋，但內在依然是很牛逼的。
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