由於棉花田棉鈴蟲和雜草的問題，目前轉基因棉花推廣面積逐年擴大。
市場上有兩種轉基因棉花，一種是轉Bt基因抗棉鈴蟲的棉花，另一種是抗草甘膦棉花。目前大面積推廣的是轉Bt基因抗棉鈴蟲的棉花，而抗草甘膦棉花也有一定的種植（目前存在棉花生長等問題較多，種植面積有限）。
轉Bt基因抗棉鈴蟲的棉花，
是外源Bt基因等導入棉花體內後經選育而成。主要專門破壞棉鈴蟲消化道的Bt殺蟲蛋白基因經過改造，轉到了棉花中，使棉花細胞中存在這種殺蟲蛋白質，專門破壞棉鈴蟲等鱗翅目害蟲的消化系統，導致其死亡。在棉花棉鈴蟲發生危害的年份，抗蟲棉種植確實起到了減低危害的作用。表現為雖然棉花田棉鈴蟲羽化成蟲和產卵量較大，但棉花危害很少發生。
對棉鈴蟲的各代發生都有很好的抑制作用，但近幾年三代棉鈴蟲有偏大危害的趨勢。據一些報導，棉鈴蟲對抗蟲棉有增加抗性的趨勢，國外為減緩抗性問題，要在抗蟲棉區種植非抗蟲棉的棉花或間種了大豆、番茄、瓜類等感蟲作物，以延緩棉鈴蟲對抗蟲棉的抗性問題。
天山植保認為，抗蟲棉棉鈴蟲的防治工作應該如非抗蟲棉一樣的防治措施，對秋耕冬灌、誘殺等物理誘集、噴磷驅卵、防治指標等綜合防治手段不能少。尤其是防治指標問題，因為棉花種子的抗蟲性強弱棉農無法檢驗，但是棉田內棉鈴蟲實際發生是現實情況，根據田間實現發生情況，搞好調查（以後再詳細說明棉農在棉花田棉鈴蟲調查方法），根據蟲口危害狀況，
壓低蟲口，降低危害，才是正確的防控措施。抗蟲棉只會使防治棉鈴蟲的農藥總量降低，不會使非棉鈴蟲的蟲害農藥減少。
近幾年來看，抗蟲棉田的棉盲蝽、棉花枯黃萎病、棉花葉蟎、棉蚜和棉花早衰等發生情況都有一定的變化。比如：棉盲蝽有偏重發生的趨勢，棉花苗期枯萎死苗多，棉花易早衰等問題，這些問題你怎麼看？
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