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乙肝病毒不僅對人的肝臟有損害， 而且還對人體其他器官也有很大的威脅， 乙肝病毒會引起很多其他器官的併發症， 並且會引發其他的疾病。
精神功能紊亂
最近研究認為除了重症肝炎有一些精神障礙的表現以外， 普通肝炎也可能會出現精神功能紊亂的情況。 急性期主要表現為易怒、過度興奮、失眠， 在恢復期的幾個月內就會表現為注意力不集中， 並且容易出現疲勞（稱之為肝炎後綜合征）。
膽囊炎、膽管炎
膽管炎， 膽囊炎比較常見， 據文獻報告顯示可達0.9%～49.7%。 臨床表現為低熱、右肋部疼痛、膽囊區壓痛、莫菲征陽性、十二指腸引流液鏡檢白細胞成堆， 細菌培養陽性可以確診。
如乙型肝炎患者經過一段時間治療後， 發現有上述症狀和體征或ALT下降不滿意者應考慮本病的可能。 合併膽管感染的原因有：
①肝炎病毒直接侵犯膽管。
②肝病時枯否細胞功能低下， 對來自門靜脈的大腸桿菌及其毒素失去清除和解毒能力， 從而導致膽管感染。
③肝炎後常出現胃酸分泌減少， 大腸桿菌可在膽管內大量繁殖而引起上行性感染。
胰腺疾病
乙型肝炎還可引起胰腺疾病，
有研究發現， 各型肝炎均可合併急性胰腺炎， 並可見於肝炎各期， 病情輕重與肝炎臨床類型和病情並不一定平行。 但多數情況下急性肝炎常併發典型的急性胰腺炎， 或使慢性胰腺炎急性發作。 急性胰腺炎又常使肝炎病情加重。
食管、胃腸病變
急性肝炎時常伴有食管炎， 常與與食管過敏有關， 而胃腸道的功能性和器質性改變被認為與腸神經功能紊亂和免疫反應有關， 慢性肝炎可合併潰瘍性結腸炎。
肝炎合併糖尿病
肝炎可引起糖代謝紊亂， 故在各種肝炎的任何時期均可發生糖尿病，
皮膚合併症
皮 膚併發症的發生率一般為為0.4%～25%， 急性期皮膚出現蕁麻疹、紅斑疹、斑丘疹及血管神經性水腫。
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