日本的醫療制度比較完善， 但日本國民和醫生也有怨言。 日本媒體就曾諷刺日本的醫院“排隊三小時， 看病三分鐘”。 在日本的大醫院， 排隊也是司空見慣的事， 只是不會出現患者通宵排隊等待掛號的現象。 日本人生病之後大都先到附近的個人診所就診， 如果確屬大病需要綜合檢查或住院治療， 診所會向患者推薦合適的大醫院。
關於醫療費， 日本輿論也存在各種爭議。 此前日本國內曾出現過“醫療費亡國”論， 意思是說政府為國民的醫療費支出得太多， 長此以往將導致國家滅亡。 日本政府也意識到了這一問題， 於是在2003年將普通國民醫療費的自付比例從過去的20%提高到了現在的30%。 對此日本醫療界強烈反對， 認為這麼做並不能節約國家的醫療開支， 因為這樣一來， 人們在生病之後為了省錢往往不會馬上去醫院， 導致病情惡化， 結果需要花更多的醫藥費。
日本醫療體制目前面臨的最大問題應該是醫生不足， 尤其是婦產科和兒科的醫生缺乏。 由於早年間行醫在日本是收入很高的工作，
與大城市相比， 偏遠的山村和小的島嶼由於交通不便等原因，