蒲窪自然保護區地處北京市房山區西南部的蒲窪鄉境內， 屬森林生態系統類型， 保護區內有大量珍稀野生動植物種及適宜它們生存的自然環境。 2005年3月14日被北京市政府正式批准為蒲窪市級自然保護區。
土壤
蒲窪自然保護區海拔800m以上的針闊葉混交林帶為山地棕壤類型；
該區山勢陡峻， 氣溫較低， 蒸發量小， 濕度較大；在植被破壞嚴重地區或陽坡陡坡地帶， 山地棕壤退化形成山地粗骨性棕壤。
在海拔800m以下， 溝谷區為山地淋溶褐土分佈；在碳酸鹽母岩上， 為山地碳酸鹽褐土；在水土流失嚴重地區為山地粗骨性褐土。
氣候
蒲窪自然保護區處於暖溫帶半濕潤大陸性季風氣候區， 氣候溫和， 光照充足；年平均氣溫9―11℃， 無霜期160―200天， ≥10℃積溫3500―3800℃， 年日照時數為2063小時。
由於海拔相對較高， 植被茂密、森林小氣候特徵明顯， 晝夜溫差大。
年平均降水610mm， 年際變率大， 年內分佈不均，
保護對象
①以遼東櫟林、鵝耳櫪林、核桃楸林、山楊林等為代表的大面積的天然次生林。
②紫椴、黃檗、野大豆等國家重點保護植物；小花火燒蘭、羊耳蒜、角盤蘭、綬草、漆樹、青檀等北京地區珍稀瀕危植物及其種群、個體的生存環境。
③國家重點保護鳥類褐馬雞及其棲息地， 截止到2013北京地區存有褐馬雞約300只左右， 而蒲窪自然保護區現存有50只左右， 因此該區是北京地區褐馬雞的主要分佈區。
④華北地區僅存的中華蜜蜂種群， 華北地區原為中華蜜蜂的主要分佈區， 在90年代整個華北地區僅在蒲窪鄉域內有中華蜜蜂種群30多群， 經過保護繁育， 2013年已發展到2000群。
重點對象
黃檗（黃鳳梨）（）， 國家重點保護植物， 芸香科黃檗屬， 發現于蘆子水村的大游龍， 數量很少。 該樹種外層厚， 木栓層發達；內層薄， 鮮黃色。 具有很高的藥用價值。
紫椴（）， 國家重點保護植物， 椴樹科椴樹屬， 在該區分佈於冰冷湖範圍內， 常為北京丁香、鵝耳櫪、胡桃楸的伴生樹種， 分佈較為廣泛， 生長狀況良好。
蒲窪自然保護區還保存有多種北京市瀕危珍稀物種：漆樹、青檀、狗棗獼猴桃；角盤蘭、羊耳蒜、綬草、小花火燒蘭等多種蘭科植物。