由於冬季棚內氣溫較低， 加上長期封閉， 如果管理不善， 容易導致凍害、濕害和氣害等的發生。 輕者影響花卉生長， 重者造成花卉死亡。 所以， 必須加強管理。
一、棚內越冬花卉的管理
一是需在低溫棚室越冬的花卉。 在長江流域， 盆栽的山茶花、棕竹、杜鵑、含笑、朱頂紅等， 只要在低溫時稍加保護即可在休眠狀態下安全越冬。 進棚後， 應注意晴天通風降溫， 不可貪圖高溫， 如果打破冬季休眠， 容易進入生長狀態， 抗寒力則會大大降低。
二是需在溫室生長、冬季或早春開花的花卉， 如報春花、瓜葉菊、蒲包花、馬蹄蓮、仙客來等， 入棚室栽培時， 白天氣溫應保持在15-20℃， 夜間應覆蓋保溫在5℃左右， 不能低於0℃。
三是需在高溫棚室越冬的花卉， 如竹芋類、仙人掌類、發財樹、熱帶蘭等喜高溫花卉， 在長江流域靠單層塑膠大棚越冬是不夠的， 還必須輔以其他措施。 如在大棚外加蓋草苫等保溫材料，
二、大棚花卉注重防四害
1、防凍害。 對不耐寒的花卉， 晚上應加蓋草簾或在棚內套上小棚；也可在大棚中央每隔幾米挖一貯水池， 利用貯水池保溫；或在地面撒些草木灰， 一般可提高地溫1-2℃；或是在降溫前， 用抗冷凍素400-700倍液噴灑植株的莖部和葉片， 起到防寒抗凍作用。
2、防濕害。 在長期密封， 雨雪天多時， 大棚外應開好排水溝， 降低土壤濕度。 另外， 可在盆面或地面撒些草木灰， 起到吸熱增溫、吸濕降濕的作用。 同時要注意繃緊棚膜， 嚴防棚頂積水漏水。
3、防氣害。 棚室內應施用充分腐熟的有機肥料， 儘量減少化肥的施用量。
4、防病害。 大棚內空氣濕度大， 要特別注意防治白粉病、黑斑病、炭疽病等病害的發生。 對炭疽病， 可在發病初期用75%百菌清500倍液噴藥防治；白粉病可用1：1：140等量式波爾多液噴藥防治；黑斑病可用70%甲基托布津1000倍液噴藥防治。 在棚室用藥應避開晴天中午高溫期、開花期。