對於康熙朝的三藩之亂， 以往我們有一種錯誤的認知， 認為吳三桂早有謀反之心， 是蓄意叛亂， 並且還認為由於吳三桂降清， 又叛清， 漢族士大夫對他的人品有懷疑， 所以不積極配合， 所以導致三藩失敗了。 下面， 我們來看看吳三桂失敗的主要原因有哪些。
吳三桂最終失敗既有他自己的原因， 也有外部的原因。
首先， 吳三桂起兵之時沒有打出反清複明的旗號， 因此沒有得到對明朝心懷眷戀的漢族士紳的支持和幫助， 也曾經有謀士向吳三桂提出立一個明王室的傀儡作為號召， 但遭到了吳三桂的反對， 吳三桂志在自己稱帝， 認為與其先立一個傀儡， 將來再殺掉， 絕對是多此一舉。 因此， 吳三桂以明朝叛徒的身份再次反叛清朝， 是為再叛， 因而無法得到大多數人的認同和支持。 也正是因為吳三桂沒有扛起“反清複明”的大旗， 臺灣的鄭經以及廣東的尚可喜和福建的耿精忠都對他離心離德，
其次， 吳三桂在軍事策略上犯了嚴重的保守主義的錯誤。 吳三桂在迅速席捲江南後， 沒有立即決定渡江北上， 從而直搗黃龍， 而是在松滋停滯不前， 並向康熙提出了釋放自己的兒子， 並與清廷劃江而治的主張，
再次， 當時的漢族地主普遍支持清王朝也是吳三桂失敗的一個重要原因。 吳三桂不僅沒有得到江北漢族地主的支持， 連他起家的雲貴地區都很難獲得大多數的漢族地主士紳和民眾的支持， 原因在於他治理雲貴的數十年間魚肉百姓， 盤剝地方， 失去了人心。 因而在康熙帝緩過神來後， 迅速集結了全國的人力物力與吳三桂集團作戰， 持久戰對清廷有利。
康熙帝的調度指揮和正確決策也是打敗吳三桂的原因。 康熙帝小吳三桂49歲， 吳三桂死的時候， 康熙帝才25歲， 因此時間在清王朝一邊。
康熙帝在打敗吳三桂後，
命令將吳三桂的骸骨分發全國各地，
以儆效尤。