2017年11月17日, 清華大學生命學院、結構生物學高精尖創新中心施一公教授研究組就剪接體的結構與機理研究於《細胞》(Cell)雜誌再次發表最新成果。
1977年, 科學家們首次發現來自於腺病毒的mRNA與其對應的DNA轉錄範本並不能形成連續的雜交雙鏈, 而是在雜交雙鏈的不同位置伸出了環狀的DNA單鏈。 這個重大發現表明, 遺傳信息從DNA傳遞到mRNA上並不只是通過轉錄, 還需要pre-mRNA剪接來進一步完成“無效”遺傳信息的去除與有效遺傳信息的拼接。
RNA 剪接是真核生物基因表達調控的重要環節之一, 負責執行這一過程的是細胞核內一個巨大且高度動態變化的分子機器——剪接體(spliceosome)。 從1977年首次發現RNA剪接至本世紀初, 科學家們通過免疫沉澱、基因敲除、交聯質譜、建立體外剪接反應系統等研究手段,
但是由於剪接體組成蛋白、核酸種類多, 分子量大, 並具有多種動態結構, 該領域進展一直比較緩慢, 獲得剪接體的高解析度三維結構更是世界公認的難題。 2015年, 施一公研究組率先突破, 在世界上首次報導了裂殖酵母剪接體3.6埃的高解析度結構, 首次展示了剪接體催化中心近原子解析度的結構。
不同於上述已解析的多個狀態的剪接體, P complex具有更高度的動態性與暫態性, 在正常生理狀態下極難捕獲。 在最新發表的這篇《細胞》論文中, 施一公研究組進一步探索並優化了蛋白提純方案, 通過在釀酒酵母中表達關鍵蛋白的失活突變體導致剪接體無法釋放成熟的mRNA, 從而獲得了穩定的、性質良好的P complex樣品。 隨後利用單顆粒冷凍電鏡技術重構出了總體解析度為3.6埃的高解析度冷凍電鏡結構, 並搭建了原子模型。 這一結構首次展示了RNA剪接兩步轉酯反應完成後剪接體的整體結構以及內部蛋白質、核酸組分的組裝情況, 其中可以清晰的看到原本被內含子隔開的兩個外顯子已經共價連接形成成熟的mRNA並且被U5 snRNA識別固定在剪接體的反應中心。 值得一提的是,在這個結構中,第一次觀察到了pre-mRNA中3’剪接位元點AG被分支點A和5’剪接位點的第一個核苷酸G通過非經典的堿基互補配對共同識別的機制,這兩個核苷酸AG還進一步被5’剪接位點的G和U6 snRNA通過堿基堆積力固定。因此,該結構的解析,首次展示了3’剪接位點被識別、關鍵蛋白Prp22參與成熟的mRNA釋放等重要的結構資訊,為領域內對第二步轉酯反應發生時3’剪接位點如何被識別的長達數年的猜想與爭論提供了最有效的結構證據。
清華大學施一公教授研究組一直致力於捕捉RNA剪接過程中處於不同動態變化的剪接體結構,從而從分子層面闡釋RNA剪接的工作機理。截至目前為止,施一公研究組在酵母中一共解析了7個不同狀態的剪接體高分辨的三維結構,從預組裝到被啟動,從發生兩步轉酯反應到剪接體的解聚,這7個狀態的剪接體基本覆蓋了整個剪接通路,首次將剪接體介導RNA剪接的過程串聯起來,為理解RNA剪接的分子機理提供了最清晰、最全面的結構資訊。由於對RNA剪接領域做出的重要貢獻,施一公教授于不久前獲得了未來科學大獎生命科學獎。
清華大學生命學院、結構生物學高精尖創新中心施一公教授為本文的通訊作者;清華大學生命學院三年級博士研究生白蕊、生命學院博士後、結構生物學高精尖創新中心卓越學者閆創業以及醫學院五年級博士研究生萬蕊雪為該文的共同第一作者;清華大學冷凍電鏡平臺的雷建林博士為冷凍電鏡資料收集提供了説明。電鏡資料獲取於清華大學冷凍電鏡平臺,計算工作得到清華大學高性能計算平臺、國家蛋白質設施實驗技術中心(北京)的支持。本工作獲得了北京結構生物學高精尖創新中心及國家自然科學基金委的經費支持。
值得一提的是,在這個結構中,第一次觀察到了pre-mRNA中3’剪接位元點AG被分支點A和5’剪接位點的第一個核苷酸G通過非經典的堿基互補配對共同識別的機制,這兩個核苷酸AG還進一步被5’剪接位點的G和U6 snRNA通過堿基堆積力固定。因此,該結構的解析,首次展示了3’剪接位點被識別、關鍵蛋白Prp22參與成熟的mRNA釋放等重要的結構資訊,為領域內對第二步轉酯反應發生時3’剪接位點如何被識別的長達數年的猜想與爭論提供了最有效的結構證據。清華大學施一公教授研究組一直致力於捕捉RNA剪接過程中處於不同動態變化的剪接體結構,從而從分子層面闡釋RNA剪接的工作機理。截至目前為止,施一公研究組在酵母中一共解析了7個不同狀態的剪接體高分辨的三維結構,從預組裝到被啟動,從發生兩步轉酯反應到剪接體的解聚,這7個狀態的剪接體基本覆蓋了整個剪接通路,首次將剪接體介導RNA剪接的過程串聯起來,為理解RNA剪接的分子機理提供了最清晰、最全面的結構資訊。由於對RNA剪接領域做出的重要貢獻,施一公教授于不久前獲得了未來科學大獎生命科學獎。
清華大學生命學院、結構生物學高精尖創新中心施一公教授為本文的通訊作者;清華大學生命學院三年級博士研究生白蕊、生命學院博士後、結構生物學高精尖創新中心卓越學者閆創業以及醫學院五年級博士研究生萬蕊雪為該文的共同第一作者;清華大學冷凍電鏡平臺的雷建林博士為冷凍電鏡資料收集提供了説明。電鏡資料獲取於清華大學冷凍電鏡平臺,計算工作得到清華大學高性能計算平臺、國家蛋白質設施實驗技術中心(北京)的支持。本工作獲得了北京結構生物學高精尖創新中心及國家自然科學基金委的經費支持。