妙蛙種子是小智做夢都想收服的一隻神奇寶貝， 當初剛沒有皮卡丘之前， 他想要的一隻神奇寶貝就是妙蛙種子， 在小智和小霞等人一起旅遊的時候， 在森林裡就遇見了一隻妙蛙種子。 最初的時候小智遇見的是走路草。
走路草白天把身體埋在土裡， 並用自己的全身吸收土地中的營養。 土地越是肥沃， 它的葉子就會變得越有光澤。 沐浴月光就會開始活動， 在夜晚裡四處散播種子而到處走動。 屬於草系也屬於水系， 當小智想收服它的時候被小霞阻攔， 因為小霞也喜歡它
在小霞想用神奇寶貝收服走路草的時候被突然出現的妙蛙種子阻止， 妙蛙種子是小智一心想要的神奇寶貝。 所以小智想要收服它， 但是妙蛙種子非常的討厭小智他們， 因為這個妙蛙種子負責保護這裡的神奇寶貝， 而小智想要收服他們
妙蛙種子逃離之後， 小智一行人不停的踩中陷阱， 這些陷阱都是為了保護這裡的神奇寶貝而設置。 當小智他們再次遇見妙蛙種子以及護理它們的訓練家的時候， 才知道事情的真相， 這裡的神奇寶貝幾乎都是被訓練家拋棄的神奇寶貝， 而妙蛙種子實力強大所以在這裡充當保護者
再次相見的時候妙蛙種子還是很排斥小智， 就在這個時候火箭隊出現， 火箭隊出現在這裡是為了奪取這裡的神奇寶貝， 在他們用機器吸取這裡的神奇寶貝的時候， 小智幫助妙蛙種子一起拯救這裡的神奇寶貝， 妙蛙種子因此被小智感動。
在趕走火箭隊之後妙蛙種子自願跟隨小智， 但是前提必須打贏它。 小智用皮卡丘打贏了妙蛙種子， 才算正式擁有了這只神奇寶貝。 可以說沒有火箭隊的搗亂， 小智就沒有辦法得到這只神奇寶貝。