普陀山志中有一段性統禪師《智祖殘碑重記》， 文曰：“普陀法雨寺， 創自大智祖師， 當其示寂之日， 告眾曰：‘茲地， 乃大士現靈之所。 老僧開此道場，
開寺大師 逝世前預言百年之約
揭開百年謎團， 待先從開寺大師大智真融說起。 大智真融（1524－1592）， 楚之麻城人（今湖北麻城市）， 15歲出家於本邑定慧寺， 侍師數年， 潛心教典。
大智真融為今法雨寺開寺之祖， 而他“百年後， 吾再來重興耳。 ”的承諾， 不得不讓後人考究法雨寺百年滄桑歷史。 百年間， 從海潮寺、護國永壽鎮海禪寺， 直至法雨寺。 大智真融示寂後， 住持換了19位元， 史料記載毀寺火災四次， 海禁遷寺， 雖曆有住持僧人興寺之舉， 而真正興複法雨寺的高僧， 當推別庵性統。
百年期到 別庵性統應驗約定
別庵俗姓龍， 蜀高梁(今四川梁山縣)人。 12歲出家， 22歲受具戒。 康熙二十六年(1687)， 別庵性統被推薦出任法雨寺住持。 當別庵性統到寺後， 但見“荊榛滿目、瓦礫成邱”， 又見所內懸掛著大智真融的畫像， 充滿著穎智和生氣。 明益普容禪師告知別庵：“大智真融禪師圓寂時， 曾告知僧眾， 此寺將經受火災，
別庵性統帶著諸多疑惑當起了住持。 傳說， 有一天， 別庵性統在雪浪山麓散步， 經過大智真融的靈塔時， 在一塊地面乾淨處盤腿趺坐。
大智融禪師塔銘
五月三日午時趺而逝
越明年癸巳，
皇太后覆命吳某等，
奏請金幣香幡供殿，
兼為建塔…
別庵大師推算出大師圓寂在當年壬辰（1592年五月）， 距當時正好一百年。 “待百年後， 再來重興耳”， 這句話果然應驗了。 別庵性統想：我就是大智禪師的再世了， 似乎冥冥中佛祖已有安排， 便對重興寺廟充滿了信心和責任。
康熙南巡 借此機遇重興法雨
興複寺廟， 需要巨額資金， 別庵性統除了自己發奮努力之外， 還需要等待機遇。 這個機遇就是康熙二十八年（1689）南巡的故事了。 史料記載：康熙二十八年（1689）春， 帝南巡， 檄定海總兵黃大來保駕， 黃乘間奏普陀廢狀，帝賜金千兩，修復前後兩寺大圓通殿。此後，康熙與別庵性統及普陀山故事卻越來越多。別庵入京祝壽，被8次召見，9次進詩，凡所啟請，無不應允，賜翰賜紫，為自古寵倖所未有。
康熙三十八年（1699）四月，康熙御批拆南京明故宮舊殿，移建後寺，重建為圓通寶殿（又稱九龍殿），發南京城內琉璃瓦１２萬張蓋兩寺主殿。禦書“普濟群靈”額賜 前寺，“天花法雨”額賜後寺；改前寺名“普濟禪寺”，改後寺名“法雨禪寺”。
自大智真融圓寂（1592），至別庵性統在雪浪山發現大智真融大師塔銘，立志重建，正好近百年，應證了“待百年後，再來重興耳”的預言。
後寺當初是海潮，禪師駐錫尚蕭條。
於今法雨繽紛下，朵朵天花破寂寥。
—— 清祝德風《法雨寺》
黃乘間奏普陀廢狀，帝賜金千兩，修復前後兩寺大圓通殿。此後，康熙與別庵性統及普陀山故事卻越來越多。別庵入京祝壽，被8次召見，9次進詩，凡所啟請，無不應允，賜翰賜紫，為自古寵倖所未有。康熙三十八年（1699）四月，康熙御批拆南京明故宮舊殿，移建後寺，重建為圓通寶殿（又稱九龍殿），發南京城內琉璃瓦１２萬張蓋兩寺主殿。禦書“普濟群靈”額賜 前寺，“天花法雨”額賜後寺；改前寺名“普濟禪寺”，改後寺名“法雨禪寺”。
自大智真融圓寂（1592），至別庵性統在雪浪山發現大智真融大師塔銘，立志重建，正好近百年，應證了“待百年後，再來重興耳”的預言。
後寺當初是海潮，禪師駐錫尚蕭條。
於今法雨繽紛下，朵朵天花破寂寥。
—— 清祝德風《法雨寺》