意根的很多功能作用要通過五陰六識的配合才能完成

意根對五陰的調控和指令需要六識的配合才能完成， 單獨不成事。

意根有其特有的防禦機制， 保護自我的本能性很強， 與意識的防禦性有區別， 意識遠遠不如意根的防禦能力強大， 因為意識不能做主， 需要意根通過才能實現防禦機制。 遇到危險極其快速的躲開了， 就是意根的自我保護機智。 當有人給自己提意見， 不假思索的就馬上回辯否決， 就是意根的防禦機制。 非常快速， 不容意識思惟的反應， 就是意根的自我防禦機制。 危險突然降臨， 不容分說， 馬上抱頭鼠竄， 就是意根幹的事。

六塵的具體相貌由意識了別，

然後快速傳遞給意根， 意根依之就會作出快速的反應， 有些時候不用意識的思惟分析推理判斷。 意識愚癡了別性弱時， 就無法正常了別和傳遞資訊給意根， 意根就不能作出快速的反應。 即使意根能了知一切法， 想要五陰配合活動， 可是沒有六識， 意根就不能讓五陰活動起來作出任何反應， 意根作出了指令， 六識如果有故障， 那就不能正確而快速的執行意根的指令， 就像人昏迷時， 被老虎咬住也不能躲開， 因為沒有身識和意識讓身體跑開， 以躲避危險。

在禪定狀態中， 意識非常弱， 遇到突然事故， 意根作出反應， 想躲避， 可是六識無法配合， 只能嚇得魂飛魄散， 精神出現障礙。 由此可知， 眾生的身口意行是意根指揮，

六識造作出來的， 六識配合意根刹那有身口意行， 如果不能出生六識， 無論意根想做什麼， 都不能做成。

如來藏也如此， 沒有五陰身， 如來藏的所有有為性也表現不出來， 很多的無為性也表現不出來， 必須在五陰身運作的情況下， 如來藏才能完完全全的體現自己的有為和無為性， 體性自己的所有功能作用。