（1）顏色：轉基因鮮玉米色澤光鮮亮麗多彩， 果粒異常飽和， 基色黃或其它未見過的顏色， 並可出現紅色、藍色、綠色、黑色等的果粒雜陳， 非轉基因玉米顏色單一或只有兩種顏色（基色黃、白）， 雜陳的果粒顏色為紫色、紫紅色， 但絕對不會出現紅色、綠色、藍色、黑色；
（2）上市時間：非轉基因的鮮玉米通常是在8月至10之間， 如出現反季節的鮮玉米（冷凍的非轉基因玉米除外）就可能是轉基因玉米
（3）蟲鳥噬：非轉基因玉米可能有蟲蛀、鳥琢痕，
轉基因玉米則絕對完好；
（4）內部顏色：非轉基因玉米碴、粉顏色為鮮黃色，
轉基因玉米碴、粉顏色淺黃髮白。
（5）價格：非轉基因比轉基因玉米的價格――相對較貴些。