90%的愛滋病患者在疾病的不同時期都有神經系統症狀， 可發生愛滋病性腦炎， 這時可有進行性認知能力減退， 並伴有運動及行為的異常。 巨細胞病毒、單純皰疹病毒、弓形蟲、梅毒等都可引發腦炎。
HIV、巨細胞病毒、結核桿菌、卡波西肉瘤都可能引起血管病變。
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