現實世界中的生命， 與邏輯世界中的人工生命相比， 有一個很大的共同點， 就是行為都遵從一定的規則。 小到微生物， 大到人類自身， 都按照一定的規則來行動。 這種規則簡而言之就是趨利避害。 由於所有的生命幾乎都有這樣的邏輯特性， 那麼在自然進化過程中所出現的生命爆發和滅絕等湧現現象就得到了合理的解釋。 即， 這是個體生命趨利避害的邏輯行為在整體上所表現出來的湧現現象。 很顯然， 我們的現實世界有邏輯世界的屬性。
我們很容易發現在現實世界裡的生命與電腦系統裡的人工生命有著一些顯而易見的不同點。
我們用人類自身來作說明。 我們大多數人的生活可能都會比較有規律， 比如白天上班上課， 晚上看看電視然後睡覺。 碰上便宜， 許多人都愛撿， 碰上危險， 大多數都避之不及。 這樣的生活就是有規律， 符合邏輯的生活。 不過仔細想想， 並不是每個人都過著這麼機械和邏輯化的生活。 人類有著人工生命所沒有的自由意志。 並不是每個人撿了錢包就往自己口袋裡塞， 也有會主動交還的人。 並不是每個人碰上危險就逃之夭夭， 還有許多捨己為人的英雄人物出現。 即使許多人在行為上遵從著自己趨利避害的本能， 但在心裡面， 都會讚賞那些大公無私， 捨身成仁的英雄好漢。
人類的自由意志表現在多方面，
我們人人都渴望自由， 人人都渴望打破一切規則的束縛， 這種本能的需求， 其來源在邏輯上一定是先於束縛本身。 例如， 人工生命的祖先是一段邏輯語言寫的程式， 那麼這段程式的後代只可能繼承祖先的邏輯體系和規則， 而不可能發展出自由意志。 在邏輯的土壤裡， 長不出非邏輯的東西。 無論人工生命進化多少代， 其後代的行為仍然遵從一定的邏輯規則。 只不過會由於湧現現象的發生， 在整體上會表現出一種超越個體的智慧。 然而這種智慧終究是屬於一種邏輯體系下的物理現象，
我們繼續考察邏輯世界與現實世界的區別。 在Tierra這個邏輯世界裡， 我們發現其現象包括競爭、衝突、利用、弱肉強食、適者生存。 而在現實世界， 我們發現除了有上述邏輯世界的所有現象外， 還包括友愛、互助、分享、捨己為人等等在邏輯系統下無法解釋的現象。 那麼， 究竟是什麼原因造成了兩種世界的這種差別呢？
邏輯世界， 本質上看， 是一種虛擬的世界。 在邏輯世界裡的人工生命， 並沒有任何實在性。 還原到最後， 只不過是根據一定順序不斷打在顯示幕上的光學信號，
因此，邏輯世界只是現實世界某一方面的模仿。雖然只是一種模仿，但卻可以給我們提供極大的啟示作用。首先，我們發現，現實自然界表現出來的種種規律，其實是個體生命體基於“趨利避害”行為規則下所體現出的綜合規律。這些綜合規律表現為多種現象如湧現現象、自組織現象、進化現象等等。這些現象和規律，是邏輯行為下的一種必然規律，與物理化學當中的定律並沒有本質上的區別。所以，我們沒有必要去為物種大爆發和物種滅絕現象去尋找更多其它的原因，只要生命體遵循“趨利避害”的邏輯行為法則，類似的物種爆發和滅絕現象就是一個不可改變的必然規律。
其次，如果我們從佛學的角度來看，現實自然世界的這些規律產生的原因可以得到合理的解釋。我們之前瞭解到，在佛家看來，現實世界只不過是一個逼真的虛幻三維幻象，而幻象形成的原因正是我們自己的無明分別心使然。佛家所說的分別，與電腦中邏輯世界的成因是“0”和“1”或“開”和“關”的區別在本質上是一樣的。有“0”和“1”的區別，邏輯世界得以生成，有分別心和執著念，現實世界也得以生成。虛擬的邏輯世界需要有虛擬世界之外的能量支持才能得以運轉，而現實世界也需要世界“之外”的“能量”來維持，這個“能量”就是真如所具有的無限潛能。因為有真如的作用，現象世界得以生成，而現象世界的演化，同樣有賴於真如的作用。真如是自性，同時真如又像是所有人都要回歸的共同家園。我們因為無明妄執，誤認為虛幻的現象世界是我們的家園，只有當我們回歸本心，體認到自性真如，才算是找到了真正的家園。
由於基於分別心所形成的現象世界本質上與邏輯世界是相同的，所以現象世界自然也就表現出與邏輯世界類似的規律和現象。然而由於我們每個人的真如本心原本是絕對自由的，雖然我們都被虛幻的身體所束縛，但我們的心卻始終渴望終極的自由。我們的心念不會受到邏輯規則的束縛，因為我們的本心不是邏輯規則所創造，相反，邏輯規則是由無明妄心所成，我們意識不到這一點。我們在這個充滿競爭、衝突、弱肉強食的邏輯世界裡，常常感覺到痛苦和矛盾，最根本的原因就在於，真正的“我”是絕對自由的，而我們卻迷執於邏輯世界的虛假幻象，認為邏輯世界裡具有色身的我才是真我，絕對自由的真我與被邏輯世界的規則束縛的假我由此產生矛盾。這種矛盾是假我產生痛苦、煩惱、悲傷、憤怒、恐懼等等負面情緒的根源。當假我暫時克服一些束縛，就會獲得暫時的輕鬆和快樂，然而這種快樂猶如飲鴆止渴，只會使我們更加迷執於虛假的邏輯幻象。
——選自《科學論道》
人工生命和邏輯世界將立刻煙消雲散，一切複歸虛無的本質。因此，邏輯世界只是現實世界某一方面的模仿。雖然只是一種模仿，但卻可以給我們提供極大的啟示作用。首先，我們發現，現實自然界表現出來的種種規律，其實是個體生命體基於“趨利避害”行為規則下所體現出的綜合規律。這些綜合規律表現為多種現象如湧現現象、自組織現象、進化現象等等。這些現象和規律，是邏輯行為下的一種必然規律，與物理化學當中的定律並沒有本質上的區別。所以，我們沒有必要去為物種大爆發和物種滅絕現象去尋找更多其它的原因，只要生命體遵循“趨利避害”的邏輯行為法則，類似的物種爆發和滅絕現象就是一個不可改變的必然規律。
其次，如果我們從佛學的角度來看，現實自然世界的這些規律產生的原因可以得到合理的解釋。我們之前瞭解到，在佛家看來，現實世界只不過是一個逼真的虛幻三維幻象，而幻象形成的原因正是我們自己的無明分別心使然。佛家所說的分別，與電腦中邏輯世界的成因是“0”和“1”或“開”和“關”的區別在本質上是一樣的。有“0”和“1”的區別，邏輯世界得以生成，有分別心和執著念，現實世界也得以生成。虛擬的邏輯世界需要有虛擬世界之外的能量支持才能得以運轉，而現實世界也需要世界“之外”的“能量”來維持，這個“能量”就是真如所具有的無限潛能。因為有真如的作用，現象世界得以生成，而現象世界的演化，同樣有賴於真如的作用。真如是自性，同時真如又像是所有人都要回歸的共同家園。我們因為無明妄執，誤認為虛幻的現象世界是我們的家園，只有當我們回歸本心，體認到自性真如，才算是找到了真正的家園。
由於基於分別心所形成的現象世界本質上與邏輯世界是相同的，所以現象世界自然也就表現出與邏輯世界類似的規律和現象。然而由於我們每個人的真如本心原本是絕對自由的，雖然我們都被虛幻的身體所束縛，但我們的心卻始終渴望終極的自由。我們的心念不會受到邏輯規則的束縛，因為我們的本心不是邏輯規則所創造，相反，邏輯規則是由無明妄心所成，我們意識不到這一點。我們在這個充滿競爭、衝突、弱肉強食的邏輯世界裡，常常感覺到痛苦和矛盾，最根本的原因就在於，真正的“我”是絕對自由的，而我們卻迷執於邏輯世界的虛假幻象，認為邏輯世界裡具有色身的我才是真我，絕對自由的真我與被邏輯世界的規則束縛的假我由此產生矛盾。這種矛盾是假我產生痛苦、煩惱、悲傷、憤怒、恐懼等等負面情緒的根源。當假我暫時克服一些束縛，就會獲得暫時的輕鬆和快樂，然而這種快樂猶如飲鴆止渴，只會使我們更加迷執於虛假的邏輯幻象。
——選自《科學論道》