1、胃腸道出血
可表現為嘔血或便血， 並伴有缺鐵性貧血， 發生率約為45%， 其出血來源為食道炎和食道潰瘍。
2、食道惡變
食道中發生癌腫的發生率不甚確切， 長期反流物進入Barrett食道可能起惡變作用。 但有研究認為Barrett食道病病人施行了抗反流手術亦不能使這些柱狀上皮消退， 亦不減少惡變的危險性。 Barrett食道的柱狀上皮區內可以發生異型增生， 程度可自低度到高度， 有時低度異型增生不易與正常柱狀上皮區別， 高度異型增生與原位癌有時難予區別， 並可進展至浸潤癌。 這些惡變的腫瘤系腺癌。 須要指出的是內鏡發現賁門腺癌伴有良性柱狀上皮與柱狀上皮異型增生為腺癌是有區別的，
3、食道潰瘍
食道引起潰瘍的發病率為2%～54%， 食道柱狀上皮受酸性消化液腐蝕後可以發生潰瘍， 出現類似胃潰瘍的症狀， 疼痛可放射至背部， 並可引起穿孔、出血、浸潤、潰瘍癒合後發生狹窄， 出現下嚥不暢的症狀， 甚至可穿透主動脈導致大出血而迅速致死。 潰瘍的病理分型有兩種， 最為常見的為發生在鱗狀上皮段的淺表性潰瘍， 這種類型與因反流性食道炎引起的潰瘍相似。 另一種少見的為發生在柱狀上皮段的深大潰瘍， 與消化性潰瘍相似。
4、食道狹窄
食道狹窄是Barrett食道最常見的併發症，