肉雞腸道菌群失調， 臨床上主要表現為泡沫盲腸糞便、橙色糞便和大灘盲腸糞便；雞隻可能存在“勾料”（將顆粒飼料甩出料盤）， “料糞”（糞便中出現未被消化的飼料）；飲水量增加。 發生菌群失調時， 肉雞生產性能或不受影響， 或使採食量減少， 進而影響生長；腳病較常見。 使用抗生素藥物後， 有時稀便可恢復正常， 但以後的整個生長期內仍然易感， 不能形成永久免疫力， 病因不除， 仍會復發。
2、病毒性因素。病毒性腸炎， 多與輪狀病毒和呼腸孤病毒有關。
3、球蟲病。在肉雞的整個養殖過程中， 球蟲病一直是最普遍的影響腸道健康和生長效率的重要疾病之一，
引起壞死性腸炎的因素很多， 但產氣莢膜梭狀芽孢桿菌是導致壞死性腸炎的一種普遍存在的厭氧性微生物。 當肉雞感染亞臨床型球蟲病， 飼料中澱粉和蛋白質的含量過高， 使用部分小麥、大麥和燕麥等代替玉米作為能量飼料等情況下， 產氣莢膜梭狀芽孢桿菌能在腸道中繁殖， 產生毒性較強、肉雞敏感的α毒素而致病。
5、黴菌毒素蓄積性中毒。黴菌毒素正在逐步加重對我國肉雞的威脅。 黴菌的污染， 一般多見飼料、環境的污染。 飼料污染最常見的是玉米的污染， 其次是豆粕、雜粕的污染，
我國養雞行業中流行的腺胃炎、肌胃腺胃炎， 基本上都是由目前黴菌及其毒素引起的。
但是， 由於飼料黴變因素無法徹底排除， 因而商品肉雞要經常面臨腸道不健康， 消化系統功能不全的現狀。
