指主要是來源於植物和（或）動物， 經過發酵腐熟的含碳有機物料， 其功能是改善土壤肥力， 提供植物營養， 提高作物品質。 適用於以 畜禽糞便、動植物殘體和以動植物產品為原料， 並經發酵腐熟後製成的有機肥料。
生物有機肥（NY-884-2012）-行業標準指特定功能微生物與主要以動植物殘體（如畜禽糞便、農作物秸稈等）為來源並經無害化處理、腐熟的有機肥料複合而成的一類兼具微生物肥料和有機肥效應的肥料。
市場上商品有機肥的品質參差不齊。 有個別企業被曝光原料存在問題， 畜禽糞便、秸稈糠渣、菇渣藥渣、餐餘垃圾、農產品加工殘渣等等， 還有少量草炭， 算是優等原料。 汙水處理的污泥、塘泥也不少， 甚至有土加煤、煤灰煤渣都做成商品有機肥。
說到有機肥加工也讓人擔憂：熱力烘乾的在逐漸減少， 不發酵糞臭熏天的比比皆是，
這些披上“商品有機肥”外衣的有機肥， 少則1000多塊一噸， 多則兩三千塊一噸， 與化肥價格差不多。 現在市場上經銷商爭先恐後地賣力銷售商品有機肥的原因就是利大， 噸利潤少則幾百， 多則過千， 甚至有些不惜尿素、磷酸二銨賠錢賣， 靠商品有機肥掙錢補虧空。
除此之外， 有機肥生產耗能耗材， 拉進送出， 佔用場地， 佔用運輸資源， 加上製造過程中還造成不容忽視的環境污染， 單純從經濟效益角度看， 這種工業化生產是極不合算的。