很多朋友不注意種子播前的處理工序， 認為太麻煩。 其實， 種子處理是培育健康壯苗的首要環節。 辣椒的很多病害可以通過種子進行傳播， 因此防病必須從種子處理開始做起。 播種前將種子進行浸種消毒等等， 有助於殺滅附著在種子上的病菌， 減少苗期和移栽後的病害， 達到培育壯苗的目的。
首先是曬種， 播種前將種子攤在簸箕內曬1-2天， 對增強種子活力， 提高發芽率、發芽勢， 加速發芽和出苗有顯著效果， 還兼有一定的殺菌消毒作用。 用陳種子播種， 播前一定要曬種， 其效果尤為顯著。 浸種催芽有縮短種子萌發時間和促進出苗整齊、迅速的作用，
另外， 冬春季催芽也是種子處理的環節， 可以使種子出芽整齊， 縮短育苗時間。 下面我們就介紹種子浸種消毒處理的具體方法：
一、辣椒種子浸種方法
對一般盆友來說，
1、溫湯浸種
將種子用布包好， 放在清水中浸泡3-4小時， 再置於50-55°C的溫水中（即2份開水對1份冷水）浸泡15分鐘， 可以殺死附著在種子表面和潛伏在種子內部的一些病菌。 浸種可殺死部分病菌。
2、藥劑消毒
藥劑消毒應針對防治的主要病害而選取不同的藥液。 目前生產上常用的藥液有：40%福馬林100倍溶液， 2%氫氧化鈉溶液， 10%磷酸三鈉溶液， 1%高錳酸鉀溶液和1%硫酸銅溶液。
如果主要目的是防止辣椒炭疽病和細菌性斑點病， 可先將種子用清水浸1-2小時， 再浸入1%的硫酸銅溶液中， 經5分鐘取出， 最後用清水沖洗， 再放在清水中浸泡4-5小時；如果為了防止辣椒病毒病， 可先將種子用清水浸1-2小時， 然後浸入10%磷酸三鈉水溶液， 或浸入2%氫氧化鈉水溶液， 經20分鐘取出， 用清水沖洗數遍， 再用清水浸泡4-5個小時。
3、清水浸種
將種子在清水中浸4小時， 撈出後再放入10％磷酸三鈉溶液中浸20-30分鐘， 也可用2％氫氧化鈉溶液浸種15分鐘， 清水洗淨後催芽， 這樣做可使種子上病毒的活性鈍化。
藥劑消毒步驟：浸種——消毒——沖洗——再浸種。
二、盆栽辣椒浸種
辣椒催芽溫度為30℃。 催芽過程中要常翻動種子包， 每天用溫水淋洗， 使其受溫均勻， 經4-5天后出芽達60％-70％時即可播種。
催芽溫度的控制可使用恒溫箱， 也可將種子包放置火爐旁或加溫溫室的火道上， 但要注意勿將種子烤幹， 保持溫度及濕度均勻。 芽出齊後， 如有特殊原因， 需延遲播種期時， 可將溫度降低至5-10℃之間， 保持種子周圍一定的冷涼環境。
三、辣椒種子催芽
1、辣椒種子人工催芽宜在11月至次年2月的低溫階段是很有必要的。 人工催芽可以提高種子發芽率和出苗整齊度， 縮短出苗時間。
2、進行催芽的種子， 要先按照前面敘述的方法消毒， 再用多層濕布包好。
3、辣椒種子的催芽溫度範圍是24-35℃， 在催芽過程中， 還要注意每隔6小時翻動一次， 並補充水分。
4、當75%的種子芽尖露白時即可播種。
5、催芽的方法可以結合當地的實際情況進行， 例如， 體溫催芽法、青草催芽法、電熱毯催芽法等等。