東晉末年孫恩、盧循起義的失敗, 給迅速發展的道教以沉重的打擊。 但是, 隨著宋明帝時金陵道士陸修靜對道教經書的整理和充實,
宋文帝、明帝既崇佛教, 也信道教, 都很尊重陸修靜, 多次下詔問道。 當時在建康北郊建有崇虛館, 是道教的研究中心, 陸修靜於泰始三年(467)從廬山被禮聘至建康, 就在這裡廣招道士, 收集、整理各種道書, 並著述道書30多種。 直到升明元年(477)去世。 他所提倡的以齋儀為主要標誌的道教, 史稱“南天師道”。 陶弘景遍遊名山, 訪謁著名道士, 最後于茅山建築一座三層樓的道舍, 廣收門徒, 與門徒、賓客在這裡講道、著書。 他深受齊高帝的賞識, 曾先後被聘為奉朝請(本退職大臣參加朝會者的官號, 南朝為閒散官員)和左衛殿中將軍。
在南朝, 道教勝地有茅山、龍虎山、廬山、衡山、桐柏山、青城山、峨眉山、羅浮山。 這時出現了頗具規模的道教建築——道館和道舍, 如建康的崇虛館、興世館, 茅山的曲林館, 廬山的招真館, 衡山的九真館, 桐柏山的金庭館, 太平山的建日館等。 但是大多數道士, 仍然居住在石室、草棚裡, 或把家庭靜室作為修煉之所。
道教到底信奉哪些神, 直到晉代葛洪作《神仙傳》之後, 才比較明確。 到南朝陶弘景, 作《洞玄靈寶真靈位業圖》, 才將道教奉信的神仙排列名次。 他把這些神仙分為七等,
在南朝, 道教在勢力和影響上, 都遠遠不如佛教。