自文成帝複法之後， 法門統曇曜高僧在弘揚佛法的雲岡石窟興建時期， 可謂之一生中最輝煌的時期。 它不僅主持營建了皇家工程雲岡石窟， 還奏請以昭玄寺替代了監福曹， 完善了寺院管理機構， 以及創設了僧祗戶和佛圖戶， 奠定了佛教發展最重要的經濟基礎， 並且翻譯出《付法藏因緣傳》等佛教經典， 為佛教的發展傳播提供了理論依據。
在《魏書》中僅僅只有承明元年（476年）奏請設立僧祗戶和佛圖戶一事後， 便再也找不到關於他的文字記載了。 關於他的結局， 似乎成了謎一樣的懸案。
自雲岡石窟第十一窟發現《太和七年造像銘》之後，
先瞭解下當時的北魏政權。
當時的馮太后憑藉誅殺獨攬朝政大權的太原王乙渾後， 開始了臨朝聽政。 在文成帝駕崩後這段模糊的歷史中， 太原王乙渾何以能夠位居于諸王之上， 事無大小皆自作決斷不在討論之列， 但很明確此後的北魏政權其實是在馮太后的掌握之中。
臨朝聽政也僅僅一年八個月之後， 作為皇權繼承人的獻文帝拓跋弘便開始了親政。 親政的契機是在西元467年的八月， 獻文帝的長子拓跋宏出世， 馮太后“躬親撫養， 不聽政事。 ”
時年僅二十五歲的馮太后“罷令”去撫養長孫， 也才十三歲的獻文帝親臨主政， 本身看其起來似乎就是一件很讓人產生聯想的事情。
在隨後的四年親政期間， 少年皇帝作出一系列動作， 幾乎全都是沖著皇權。 換句話說， 就是北魏政權的兩股勢力在進行碰撞， 所代表人物就是馮太后和獻文帝。
可以肯定的是， 年富力強的馮太后絕對不會痛快還政， 而獻文帝則迫切需要達到真正親政的目的。 雙方開始了暗波湧動， 激烈又複雜的鬥爭。
此時的高僧曇曜， 作為文成帝時期的老臣， 統帥全國的沙門統， 正是站立于少年獻文帝身邊的人。 獻文帝在長子出生後， 立即便把丈人李惠等外戚進爵封王， 快速發展著自己的勢力。 而馮太后也沒有閑著， 找到了自己早年失落的兄長， 也委以重任。
獻文帝開始了嚴選舉、廢雜稅、懲貪污等系列整頓， 對馮太后的外戚勢力進行清理，
史書並沒有記載馮太后是如何反擊的， 從隨後的事件完全可以看出， 年少的獻文帝遠非睿智多謀馮太后的對手。
西元471年， 也就是皇興五年， 才十七歲的獻文帝居然提出禪位於自己的叔叔拓跋子推。 其目的是為了擺脫馮太后挾持儲君， 借助宗室力量來對抗。 最終的結果不得不禪位於自己的四歲長子拓跋宏， 自己成為了中國史上最年輕的太上皇。 雖然名為太上皇， 但是依舊掌握著最高統治權， 希寄于繼續培植勢力等待兒子長大達到父子共同執掌朝政的目的。 同年八月改國號為延興， 為孝文帝的第一個年號。
此後的皇權爭奪達到了白熱化。 史書中的記載很模糊，
有一點值得注意， 拓跋弘死後不久， 馮太后被尊為太皇太后，再度臨朝聽政。也就是說獻文帝禪位時並沒有給予封賜。獻文帝周邊的勢力被相繼被殺或處罪，其苦心經營的勢力很快就被消滅光了。曇曜高僧自然也無法倖免於難。
馮太后于477年改年號為太和，開始了一系列方面的重大改革，有意識地進行漢化。
當時仍為全國沙門統的曇曜在不到一年的時間裡，“頃因曜統獨濟，遂廢茲任”，“思遠寺法師僧顯......敕令為沙門都統。”“皇舅寺法師僧義......可都維那為光賢徒。”
而史書中多次記載武州山行幸之事也在太和七年（483年）後便成為絕唱，再也沒有隻言片語。但是卻有連續不斷行幸方山的記載，從西元480年到490年，幾乎年年都有記載，直至490年九月馮太后去世十月葬于方山。
與之所對應的，是雲岡石窟第十一窟的《太和七年造像銘》，以及十一窟佈局的雜亂。來自一般信徒士大夫階層的供養小規模龕像大批出現，中心塔柱未完工等。意味著太和七年八月，第十一窟的建造計畫已經遭到了破壞和阻隔。但是在這一年的五月，孝文帝最後一次行幸武州山石窟寺。也就是從這個時期開始，曇曜高僧地位的喪失，雲岡石窟作為皇家石窟的等級便轉為民間工程的大眾石窟了。
故而在同時期建造的11-13窟內，來自民間和僧侶的補刻龕一個接一個地進入到了石窟之內。
作為間接證明的，是近年發掘的太和十五年營造的北魏明堂遺址，其所用建築石材，居然有可能是從雲岡石窟第三窟切割而來。
在曇曜高僧失去地位後的雲岡石窟，到孝文帝遷都洛陽之前，已經淪落為石料場的地步了。
馮太后被尊為太皇太后，再度臨朝聽政。也就是說獻文帝禪位時並沒有給予封賜。獻文帝周邊的勢力被相繼被殺或處罪，其苦心經營的勢力很快就被消滅光了。曇曜高僧自然也無法倖免於難。馮太后于477年改年號為太和，開始了一系列方面的重大改革，有意識地進行漢化。
當時仍為全國沙門統的曇曜在不到一年的時間裡，“頃因曜統獨濟，遂廢茲任”，“思遠寺法師僧顯......敕令為沙門都統。”“皇舅寺法師僧義......可都維那為光賢徒。”
而史書中多次記載武州山行幸之事也在太和七年（483年）後便成為絕唱，再也沒有隻言片語。但是卻有連續不斷行幸方山的記載，從西元480年到490年，幾乎年年都有記載，直至490年九月馮太后去世十月葬于方山。
與之所對應的，是雲岡石窟第十一窟的《太和七年造像銘》，以及十一窟佈局的雜亂。來自一般信徒士大夫階層的供養小規模龕像大批出現，中心塔柱未完工等。意味著太和七年八月，第十一窟的建造計畫已經遭到了破壞和阻隔。但是在這一年的五月，孝文帝最後一次行幸武州山石窟寺。也就是從這個時期開始，曇曜高僧地位的喪失，雲岡石窟作為皇家石窟的等級便轉為民間工程的大眾石窟了。
故而在同時期建造的11-13窟內，來自民間和僧侶的補刻龕一個接一個地進入到了石窟之內。
作為間接證明的，是近年發掘的太和十五年營造的北魏明堂遺址，其所用建築石材，居然有可能是從雲岡石窟第三窟切割而來。
在曇曜高僧失去地位後的雲岡石窟，到孝文帝遷都洛陽之前，已經淪落為石料場的地步了。