Endnote 作為撰寫 SCI 論文的必備工具， 在實際使用中還會有一些問題出現， 並且相當使人抓狂， 現將常見的問題及解決方法說明如下。
安裝及使用常見問題
1. 安裝版本問題。 安裝版本問題（Windows-Office-EndNote）。 最新版Endnote X8 只能安裝在 windows 7 以上， XP 不支持。 Word 2016 只能關聯 X8。 EndNote X7 可以關聯 Word 2010, Word 2013， EndNote X5 只能關聯 Word 2010。
建議 X8-Word 2016/2013 或 X7-Word 2013 或X5-Word 2010， X5 與 X7， X8 會有版本相容問題而導致顯示不正常。
目前推薦 X7-Word 2013 組合， 功能夠用強大,是最常見的配製工。 但 X5-Word 2010 速度更快， 配置低的電腦建議使用。
2. 與 Word關聯問題。 一般安裝馬上完成時， 會有提示是否對Word進行配置， 選擇是， 一般都會成功， 安裝好後 Word中會出現工具條（圖 1）。 沒有出現該工具條時，
慢著！在運行程式之前， 務必關閉Word， 並且相應 Windows 帳號要有管理員許可權。
有些單位帳號使用權限不足而導致關聯Word失敗， 只能與電腦系統管理員聯繫。
還有一些情況， 已經出現 Endnote X7 工具條， 但點擊後出現「沒有註冊的類」的提示， 也屬於沒有配置成功， 重新運行配置程式還是無法解決時， 只要先運行 Endnote， 再在Word 中點擊 Endnote X7， 就可以了， 只是多了一個步驟。
3. Endnote 庫的問題。 安裝好後新建一個庫， 這個庫的檔案名自己取， 把它保存到方便找到的盤和目錄。
【敲黑板！重點！】這個庫包括名稱相同的一個檔和一個資料夾（圖 2）， 這兩個你必須同時拷貝， 放在 U 盤隨身攜帶， 只要在安裝有 Endnote 的電腦上， 打開「自己取名字.enl」，
注：網上還有 Endnote X7 綠色免安裝版， 放 U 盤裡， 配合自己的文獻庫， 移動辦公那就一個爽字。
4. 建立 Group 的問題。 每個作者不止一篇論文， 那麼可以建立不同的 Group， 對應一篇論文， 把所有這篇論文相關的文獻全部放在這個 Group 裡面， 方便管理， 相當於 Windows 的一個資料夾，
另外， 點擊工具列上的圖示（圖 3 粗箭頭）， 使你自己的 Group 和線上搜索同時出現在左側欄中， 在 pubmed 上搜索到的文獻， 可以直接拖到相應的 Group 中。
建議大家不要在 Endnote 裡用關鍵字搜索 pubmed 文獻，
在 Pubmed 檢索出的文獻較多時， 按照黃小兵的方法在 pubmed 上匯出， 再在 Endnote 導入， 少量或單個文獻可在 pubmed 上查到 PMID， 再在 Endnote 裡線上搜索 PMID， 這個是 pubmed 文獻身份證， 唯一代碼， 一查一個准。
性能提升秘笈， 增加實用性
1. 寫 SCI 文獻， 一般不會少於 20 篇參考文獻， 我們在插入文獻或者修改論文時， 必然伴隨著文獻在論文中順序的改變， 每次改動就會出現如此畫風（圖 X）。 這個等待時間隨著插入文獻數的增加而增加， 此時電腦進入假死狀態， 相當使人抓狂， 如果你沒耐心而亂點滑鼠， 企圖妄想加快速度， Duang， 就會變成真死機， Word文檔被破壞， 如果還沒有保存， 那就要徹底爆走了。
想解決這個問題， 第一種方法是關閉即時格式化（圖Y），
2. 關於參考文獻格式的修改， 想補充一點以進一步提升性能。 Endnote 所有文獻格式檔均放在 C:Program FilesEndNote X7Styles（或 C:Program Files （x86）EndNote X7Styles）目錄下。
常規有近 6 000 個格式檔， 在選擇時會有比較長的讀取等待時間， 老機器又會造成假死機， 建議把這個目錄裡的檔全部移出到備份目錄， 僅留下需要用的格式檔， 本人留下的是 Numberd.ens， 就是圖 4a 中的風格， 這個格式最常見。
需要另外格式時， 查看雜誌社網站， 均會有說明用哪種格式， 找到對應檔， 拷貝到 Styles 目錄中， 再在 Endnote 中選擇就 OK 了， 如果要作少量修改， 可以點擊 Edit - Output Style – Edit 「…」（圖 7）， 修改後的格式檔也放在這個目錄裡， 你可以拷貝出來， 放 U 盤隨身攜帶。 這些工作都可以在論文全部完成後集中進行， 以免寫作時分心。
3. 歐洲雜誌投稿時要求把表圖都放在論文的最後，作為附錄形式，那麼插入的參考文獻就在所有的圖表後面了，而我們想把參考文獻放在論文文本的最後面，但是要在附錄圖表之前。
這個問題 Endnote 配合Word完美解決。我們只需要在Word表圖附錄的第一頁開頭位置插入一個分節符號號（圖 8a）， 再在 Endnote 中編輯相應的格式檔，點擊 sections（分節設置）（圖 7），選擇其中的 「Create a bibliography for each section」（圖 8b），這樣 Endnote 就會把參考文獻插入在分節符號的前面那一頁的最後，即表圖附錄的前面。
分節同樣特別適合於編撰書籍，因為每一個章節最後都要附上參考文獻。
4.【敲黑板！重點！】論文中插入文獻之前必須去除重複文獻，最好在導入文獻庫後馬上進行，在功能表中選擇 references – find duplicates，會自動查找重複的文獻，彈出對話方塊，選擇保留其中一個。
一般選擇「#數字」小的那個，因為那是最早加入的文獻，很有可能已經被引用，把它刪除就會出現錯誤。如果沒有去除文獻，很容易出現問題，即同一篇當成兩篇不同的文獻在論文不同位置被引用，最後的參考文獻列表中出現兩篇相同的文獻。這種低級錯誤投稿時必須避免。
經驗總結
1. Windows-Office-EndNote 三者之間版本要匹配。
2. 建立兩者有效的關聯。
3. 保管好庫（一個檔 ：XXX.enl；一個資料夾：XXX.Data），同時放 U 盤實現移動辦公。
4. 保管好自己的格式檔（XXX.ens），放 U 盤實現移動辦公。
5. 給每一篇論文建立一個不同的 Group。
6. 去除重複文獻。
7. 選擇兩項功能，更改後臺符號，提升效率，節省時間，消滅當機。
8. 利用Word分節符號號，更改參考文獻插入位置。
9. 看完以上內容，導師在喊你回去做實驗啦。
以免寫作時分心。3. 歐洲雜誌投稿時要求把表圖都放在論文的最後，作為附錄形式，那麼插入的參考文獻就在所有的圖表後面了，而我們想把參考文獻放在論文文本的最後面，但是要在附錄圖表之前。
這個問題 Endnote 配合Word完美解決。我們只需要在Word表圖附錄的第一頁開頭位置插入一個分節符號號（圖 8a）， 再在 Endnote 中編輯相應的格式檔，點擊 sections（分節設置）（圖 7），選擇其中的 「Create a bibliography for each section」（圖 8b），這樣 Endnote 就會把參考文獻插入在分節符號的前面那一頁的最後，即表圖附錄的前面。
分節同樣特別適合於編撰書籍，因為每一個章節最後都要附上參考文獻。
4.【敲黑板！重點！】論文中插入文獻之前必須去除重複文獻，最好在導入文獻庫後馬上進行，在功能表中選擇 references – find duplicates，會自動查找重複的文獻，彈出對話方塊，選擇保留其中一個。
一般選擇「#數字」小的那個，因為那是最早加入的文獻，很有可能已經被引用，把它刪除就會出現錯誤。如果沒有去除文獻，很容易出現問題，即同一篇當成兩篇不同的文獻在論文不同位置被引用，最後的參考文獻列表中出現兩篇相同的文獻。這種低級錯誤投稿時必須避免。
經驗總結
1. Windows-Office-EndNote 三者之間版本要匹配。
2. 建立兩者有效的關聯。
3. 保管好庫（一個檔 ：XXX.enl；一個資料夾：XXX.Data），同時放 U 盤實現移動辦公。
4. 保管好自己的格式檔（XXX.ens），放 U 盤實現移動辦公。
5. 給每一篇論文建立一個不同的 Group。
6. 去除重複文獻。
7. 選擇兩項功能，更改後臺符號，提升效率，節省時間，消滅當機。
8. 利用Word分節符號號，更改參考文獻插入位置。
9. 看完以上內容，導師在喊你回去做實驗啦。