截至目前， 開設生物醫學工程專業的大學共計105所， 在這些高校中， 生物醫學工程專業最好的大學有：
1上海交通大學
上海交通大學是我國歷史最悠久、享譽海內外的高等學府之一， 是教育部直屬並與上海市共建的全國重點大學。 經過120年的不懈努力， 上海交通大學已經成為一所“綜合性、研究型、國際化”的國內一流、國際知名大學。 十九世紀末， 甲午戰敗， 民族危難。 中國近代著名實業家、教育家盛宣懷和一批有識之士秉持“自強首在儲才， 儲才必先興學”的信念， 於1896年在上海創辦了交通大學的前身——南洋公學。
2清華大學
清華大學是中國著名高等學府， 坐落於北京西北郊風景秀麗的清華園， 是中國高層次人才培養和科學技術研究的重要基地。 清華大學的前身是清華學堂， 成立於1911年， 當初是清政府建立的留美預備學校。 1912年更名為清華學校， 為嘗試人才的本地培養， 1925年設立大學部， 同年開辦國學研究院， 1928年更名為"國立清華大學"。 1937年抗日戰爭爆發後， 南遷長沙， 與北京大學、南開大學聯合辦學， 組建國立長沙臨時大學， 1938年遷至昆明， 改名為國立西南聯合大學。 1946年， 清華大學遷回清華園原址複校。
3南方醫科大學
南方醫科大學前身為中國人民解放軍第一軍醫大學， 創建於1951年。 現有校本部、順德2個校區， 占地面積168萬平方米， 建築面積84.5萬平方米， 面向全國31個省、自治區、直轄市及港澳地區招生。 現有17個學院，
4西安交通大學
西安交通大學是國家教育部直屬重點大學， 為我國最早興辦的高等學府之一。 是首批進入國家“211”和“985”工程建設， 被國家確定為以建設世界知名高水準大學為目標的學校。 2000年4月， 國務院決定， 將原西安醫科大學、原陝西財經學院併入原西安交通大學組建新的西安交通大學。
5東北大學
東北大學是教育部直屬的國家重點大學，坐落在東北中心城市瀋陽。學校占地總面積253萬平方米,建築面積137萬平方米。東北大學始建於1923年4月，學校是國家首批“211工程”和“985工程”重點建設的高校，並實現教育部、遼寧省、瀋陽市重點共建。在90餘年的辦學歷程中，東北大學始終堅持與國家發展和民族復興同向同行,形成了“自強不息、知行合一”校訓精神。
6首都醫科大學
首都醫科大學建校於1960年，是北京市重點高等院校，已故著名泌尿外科專家、兩院院士、全國人大常委會副委員長吳階平教授為首任校長。現任黨委書記李明教授，校長呂兆豐教授。學校校本部設有10所學院和1所研究院。
7東南大學
東南大學是中央直管、教育部直屬的全國重點大學，是“985工程”和“211工程”重點建設的大學之一。學校坐落于歷史文化名城南京，占地面積5888畝，建有四牌樓、九龍湖、丁家橋等校區。1988年5月，學校複更名為東南大學，校慶日為每年6月6日。2000年4月，原東南大學、南京鐵道醫學院、南京交通高等專科學校合併，南京地質學校併入，組建了新的東南大學。
8華中科技大學
華中科技大學是國家教育部直屬的全國重點大學，由原華中理工大學、同濟醫科大學、武漢城市建設學院於2000年5月26日合併成立，是首批列入國家“211工程”重點建設和國家“985工程”建設高校之一，學校校園占地7000餘畝，被譽為“森林式大學”。
9四川大學
四川大學是教育部直屬全國重點大學，是佈局在中國西部、“985工程”和“211工程”重點建設的高水準研究型綜合大學。學校現任黨委書記楊泉明教授、校長謝和平院士。
10浙江大學
浙江大學是一所歷史悠久、聲譽卓著的高等學府，坐落于中國歷史文化名城、風景旅遊勝地杭州。浙江大學的前身求是書院創立於1897年，為中國人自己最早創辦的新式高等學校之一。1928年，定名國立浙江大學。浙江大學是一所特色鮮明、在海內外有較大影響的綜合型、研究型大學，其學科涵蓋哲學、經濟學、法學、教育學、文學、歷史學、藝術學、理學、工學、農學、醫學、管理學等十二個門類。學校設有7個學部，36個學院（系）。擁有一級學科國家重點學科14個，二級學科國家重點學科21個。據ESI公佈的資料，截至2015年9月，我校18個學科進入世界學術機構前1%，居全國高校第二；7個學科進入世界前100位，4個學科進入世界前50位，居全國高校第一。
11天津大學
天津大學是教育部直屬國家重點大學，其前身為北洋大學，始建於1895年10月2日，是中國第一所現代大學。1951年經國家院系調整定名為天津大學，是1959年中共中央首批確定的16所國家重點大學之一，是“211工程”、“985工程”首批重點建設的大學。天津大學的發展始終得到了黨和國家主要領導人的熱情關懷和有力支持。
12復旦大學
復旦大學創建於1905年，原名復旦公學，是中國人自主創辦的第一所高等院校，創始人為中國近代知名教育家馬相伯。校名“復旦”二字選自《尚書大傳·虞夏傳》中“日月光華，旦復旦兮”的名句，意在自強不息，寄託當時中國知識份子自主辦學、教育強國的希望。1917年復旦公學改名為私立復旦大學；1937年抗戰爆發後，學校內遷重慶北碚，並於1941年改為“國立”；1946年遷回上海江灣原址；1952年全國高等學校院系調整後，復旦大學成為文理科綜合大學；1959年成為全國重點大學。上海醫科大學創建於1927年，是中國人自主創辦的第一所高等醫學院校。建院時定名為第四中山大學醫學院，1932年改名為國立上海醫學院，1952年更名為上海第一醫學院，1959年成為全國重點大學，1985年改名為上海醫科大學。
13南京大學
南京大學坐落於鐘靈毓秀、虎踞龍蟠的金陵古都，是一所歷史悠久、聲譽卓著的百年名校。其前身是創建於1902年的三江師範學堂，此後歷經兩江師範學堂、南京高等師範學校、國立東南大學、第四中山大學、國立中央大學、國立南京大學等歷史時期，於1950年更名為南京大學。在一個多世紀的辦學歷程中，南京大學及其前身與時代同呼吸、與民族共命運，謀國家之強盛、求科學之進步，為國家的富強和民族的振興做出了重要的貢獻。尤其是改革開放以來，作為教育部直屬的重點綜合性大學，南京大學又在嶄新的歷史機遇中煥發出新的生機，在教學、科研和社會服務等各個領域保持良好的發展態勢，各項辦學指標和綜合實力均位居全國高校前列。。
14北京大學
北京大學創辦於1898年，初名京師大學堂，是中國第一所國立綜合性大學，也是當時中國最高教育行政機關。辛亥革命後，於1912年改為現名。作為新文化運動的中心和“五四”運動的策源地，作為中國最早傳播馬克思主義和民主科學思想的發祥地，作為中國共產黨最早的活動基地，北京大學為民族的振興和解放、國家的建設和發展、社會的文明和進步做出了不可替代的貢獻，在中國走向現代化的進程中起到了重要的先鋒作用。愛國、進步、民主、科學的傳統精神和勤奮、嚴謹、求實、創新的學風在這裡生生不息、代代相傳。
15電子科技大學
電子科技大學是教育部直屬、國家“985工程”“211工程”重點建設大學。1961年被中共中央確定為七所國防工業院校之一，1988年更名為電子科技大學，1997年被確定為國家首批“211工程”建設的重點大學，2000年由原資訊產業部主管劃轉為教育部主管，2001年進入國家“985工程”重點建設大學行列。
16重慶大學
重慶大學是教育部直屬的全國重點大學，是國家“211工程”和“985工程”重點建設的高水準研究型綜合性大學。學校地處國家西南工商業重鎮、長江上游經濟中心——重慶市，坐落在人文薈萃的文化名區——沙坪壩區。重慶大學創辦於1929年，早在20世紀40年代就成為擁有文、理、工、商、法、醫等6個學院的國立綜合性大學。
17北京航空航太大學
北京航空航太大學（簡稱北航）成立於1952年，由當時的清華大學、北洋大學、廈門大學、四川大學等八所院校的航空系合併組建，是新中國第一所航空航太高等學府，現隸屬於工業和資訊化部。學校分為學院路校區和沙河校區，占地3000畝，總建築面積150余萬平方米。北航一直是國家重點建設的高校，是全國第一批16所重點高校之一，是首批進入“211工程”，2001年進入“985工程”。
18中山大學
中山大學由孫中山先生創辦，有著一百多年辦學傳統，是中國南方科學研究、文化學術與人才培養的重鎮。作為中國教育部直屬高校，通過部省共建，中山大學已經成為一所國內一流、國際知名的現代綜合性大學。現由廣州校區、珠海校區、深圳校區三個校區、五個校園及八家附屬醫院組成。中山大學正在向世界一流大學邁進，努力成為全球學術重鎮。
19上海理工大學
上海理工大學簡稱上理工，是一所以工學為主，理學、經濟學、管理學、文學、法學、藝術學等多學科協調發展的上海市屬重點大學，享有中國“製造業黃埔軍校”的美譽。上海理工大學有在校學生24600余人；學校設有18個學院、2個教學部，有54個本科專業。
20溫州醫科大學
溫州醫科大學是浙江省省屬普通高等學校。學校2013年更名為“溫州醫科大學”，2015年成為浙江省人民政府、國家衛生計生委和教育部共建高校。現有臨床醫學一級學科博士點，臨床醫學、護理學、中藥學、生物學、生物醫學工程、基礎醫學、中西醫結合、藥學等8個一級學科碩士點，6個專業碩士學位授權點，設有臨床醫學一級學科博士後科研流動站。
5東北大學
東北大學是教育部直屬的國家重點大學，坐落在東北中心城市瀋陽。學校占地總面積253萬平方米,建築面積137萬平方米。東北大學始建於1923年4月，學校是國家首批“211工程”和“985工程”重點建設的高校，並實現教育部、遼寧省、瀋陽市重點共建。在90餘年的辦學歷程中，東北大學始終堅持與國家發展和民族復興同向同行,形成了“自強不息、知行合一”校訓精神。
6首都醫科大學
首都醫科大學建校於1960年，是北京市重點高等院校，已故著名泌尿外科專家、兩院院士、全國人大常委會副委員長吳階平教授為首任校長。現任黨委書記李明教授，校長呂兆豐教授。學校校本部設有10所學院和1所研究院。
7東南大學
東南大學是中央直管、教育部直屬的全國重點大學，是“985工程”和“211工程”重點建設的大學之一。學校坐落于歷史文化名城南京，占地面積5888畝，建有四牌樓、九龍湖、丁家橋等校區。1988年5月，學校複更名為東南大學，校慶日為每年6月6日。2000年4月，原東南大學、南京鐵道醫學院、南京交通高等專科學校合併，南京地質學校併入，組建了新的東南大學。
8華中科技大學
華中科技大學是國家教育部直屬的全國重點大學，由原華中理工大學、同濟醫科大學、武漢城市建設學院於2000年5月26日合併成立，是首批列入國家“211工程”重點建設和國家“985工程”建設高校之一，學校校園占地7000餘畝，被譽為“森林式大學”。
9四川大學
四川大學是教育部直屬全國重點大學，是佈局在中國西部、“985工程”和“211工程”重點建設的高水準研究型綜合大學。學校現任黨委書記楊泉明教授、校長謝和平院士。
10浙江大學
浙江大學是一所歷史悠久、聲譽卓著的高等學府，坐落于中國歷史文化名城、風景旅遊勝地杭州。浙江大學的前身求是書院創立於1897年，為中國人自己最早創辦的新式高等學校之一。1928年，定名國立浙江大學。浙江大學是一所特色鮮明、在海內外有較大影響的綜合型、研究型大學，其學科涵蓋哲學、經濟學、法學、教育學、文學、歷史學、藝術學、理學、工學、農學、醫學、管理學等十二個門類。學校設有7個學部，36個學院（系）。擁有一級學科國家重點學科14個，二級學科國家重點學科21個。據ESI公佈的資料，截至2015年9月，我校18個學科進入世界學術機構前1%，居全國高校第二；7個學科進入世界前100位，4個學科進入世界前50位，居全國高校第一。
11天津大學
天津大學是教育部直屬國家重點大學，其前身為北洋大學，始建於1895年10月2日，是中國第一所現代大學。1951年經國家院系調整定名為天津大學，是1959年中共中央首批確定的16所國家重點大學之一，是“211工程”、“985工程”首批重點建設的大學。天津大學的發展始終得到了黨和國家主要領導人的熱情關懷和有力支持。
12復旦大學
復旦大學創建於1905年，原名復旦公學，是中國人自主創辦的第一所高等院校，創始人為中國近代知名教育家馬相伯。校名“復旦”二字選自《尚書大傳·虞夏傳》中“日月光華，旦復旦兮”的名句，意在自強不息，寄託當時中國知識份子自主辦學、教育強國的希望。1917年復旦公學改名為私立復旦大學；1937年抗戰爆發後，學校內遷重慶北碚，並於1941年改為“國立”；1946年遷回上海江灣原址；1952年全國高等學校院系調整後，復旦大學成為文理科綜合大學；1959年成為全國重點大學。上海醫科大學創建於1927年，是中國人自主創辦的第一所高等醫學院校。建院時定名為第四中山大學醫學院，1932年改名為國立上海醫學院，1952年更名為上海第一醫學院，1959年成為全國重點大學，1985年改名為上海醫科大學。
13南京大學
南京大學坐落於鐘靈毓秀、虎踞龍蟠的金陵古都，是一所歷史悠久、聲譽卓著的百年名校。其前身是創建於1902年的三江師範學堂，此後歷經兩江師範學堂、南京高等師範學校、國立東南大學、第四中山大學、國立中央大學、國立南京大學等歷史時期，於1950年更名為南京大學。在一個多世紀的辦學歷程中，南京大學及其前身與時代同呼吸、與民族共命運，謀國家之強盛、求科學之進步，為國家的富強和民族的振興做出了重要的貢獻。尤其是改革開放以來，作為教育部直屬的重點綜合性大學，南京大學又在嶄新的歷史機遇中煥發出新的生機，在教學、科研和社會服務等各個領域保持良好的發展態勢，各項辦學指標和綜合實力均位居全國高校前列。。
14北京大學
北京大學創辦於1898年，初名京師大學堂，是中國第一所國立綜合性大學，也是當時中國最高教育行政機關。辛亥革命後，於1912年改為現名。作為新文化運動的中心和“五四”運動的策源地，作為中國最早傳播馬克思主義和民主科學思想的發祥地，作為中國共產黨最早的活動基地，北京大學為民族的振興和解放、國家的建設和發展、社會的文明和進步做出了不可替代的貢獻，在中國走向現代化的進程中起到了重要的先鋒作用。愛國、進步、民主、科學的傳統精神和勤奮、嚴謹、求實、創新的學風在這裡生生不息、代代相傳。
15電子科技大學
電子科技大學是教育部直屬、國家“985工程”“211工程”重點建設大學。1961年被中共中央確定為七所國防工業院校之一，1988年更名為電子科技大學，1997年被確定為國家首批“211工程”建設的重點大學，2000年由原資訊產業部主管劃轉為教育部主管，2001年進入國家“985工程”重點建設大學行列。
16重慶大學
重慶大學是教育部直屬的全國重點大學，是國家“211工程”和“985工程”重點建設的高水準研究型綜合性大學。學校地處國家西南工商業重鎮、長江上游經濟中心——重慶市，坐落在人文薈萃的文化名區——沙坪壩區。重慶大學創辦於1929年，早在20世紀40年代就成為擁有文、理、工、商、法、醫等6個學院的國立綜合性大學。
17北京航空航太大學
北京航空航太大學（簡稱北航）成立於1952年，由當時的清華大學、北洋大學、廈門大學、四川大學等八所院校的航空系合併組建，是新中國第一所航空航太高等學府，現隸屬於工業和資訊化部。學校分為學院路校區和沙河校區，占地3000畝，總建築面積150余萬平方米。北航一直是國家重點建設的高校，是全國第一批16所重點高校之一，是首批進入“211工程”，2001年進入“985工程”。
18中山大學
中山大學由孫中山先生創辦，有著一百多年辦學傳統，是中國南方科學研究、文化學術與人才培養的重鎮。作為中國教育部直屬高校，通過部省共建，中山大學已經成為一所國內一流、國際知名的現代綜合性大學。現由廣州校區、珠海校區、深圳校區三個校區、五個校園及八家附屬醫院組成。中山大學正在向世界一流大學邁進，努力成為全球學術重鎮。
19上海理工大學
上海理工大學簡稱上理工，是一所以工學為主，理學、經濟學、管理學、文學、法學、藝術學等多學科協調發展的上海市屬重點大學，享有中國“製造業黃埔軍校”的美譽。上海理工大學有在校學生24600余人；學校設有18個學院、2個教學部，有54個本科專業。
20溫州醫科大學
溫州醫科大學是浙江省省屬普通高等學校。學校2013年更名為“溫州醫科大學”，2015年成為浙江省人民政府、國家衛生計生委和教育部共建高校。現有臨床醫學一級學科博士點，臨床醫學、護理學、中藥學、生物學、生物醫學工程、基礎醫學、中西醫結合、藥學等8個一級學科碩士點，6個專業碩士學位授權點，設有臨床醫學一級學科博士後科研流動站。