早在2005年， 崔萬軍就曾擔任過蔣興權的助理教練， 2007年崔萬軍在孟菲斯大學隊擔任助教輔佐主帥卡利帕裡， 打進NCAA（美國大學生籃球聯賽）四強。
崔萬軍在CBA期間曾經執教過新疆隊和福建隊。 從2012-13賽季開始， 崔萬軍執教新疆隊近三個賽季， 並且在2013-14賽季率隊殺入總決賽， 但最終不敵北京隊， 與總冠軍擦肩而過。 2014-15賽季開始期間， 郜樹敏頂替崔萬軍主帥一職。 但擁有劉煒、周琦以及布拉奇等實力球員的新疆隊開局不利， 崔萬軍在賽季中途再次接管新疆隊。 最終， 新疆隊僅以25勝13負排名第九， 無緣季後賽。
(編輯：趙鵬程)