信號通路作為細胞內活動的真實寫照， 素來都是分子機制研究的重頭戲， 因而無論是高分文章還是申請基金， 都少不了要抱抱信號通路的大腿。
然而， 信號通路內分子盤綜錯雜， 有如一團亂麻， 很多人都屢不清頭緒， 對通路中的眾多分子也總是會傻傻分不清楚。
那麼為了讓大家對信號通路有所瞭解， 本文梳理了信號通路研究的一些資料庫以及繪製通路圖的常用軟體。
信號通路研究資料庫
1.KEGG
網址：http://www.genome.jp/kegg/pathway.html
毫無疑問， KEGG是我們做信號通路研究中接觸最多的一個資料庫。
這個龐大資料庫一個有別於其他資料庫的顯著特點就是具有強大的圖形功能，
2.SMPDB
網址：http://smpdb.ca/
SMPDB是一個互動式的視覺化資料資源庫， 包含了超過3萬種發現於人體中的小分子通路。 其中70%的通路為該資料庫獨有， 在其他資料庫中無法找到。
其中， 通路中每個小分子都可連結到附有詳細說明的HMDB或Drugbank， 每個蛋白複合物或酶也均與UniProt超連結。
該資料庫旨在支援代謝組學， 轉錄組學， 蛋白質組學和系統生物學中的途徑闡明和途徑發現。
3.WikiPathways
網址：https://www.wikipathways.org/index.php/WikiPathways
WikiPathways是一個開放式協同平臺， 用於資料視覺化和分析所用的生物學模型的收集和傳播。
該資料庫收錄了超過20個物種的通路， 其中人類的通路就包含了800多個通路，
WikiPathways中的每一個通路都有自己專屬的頁面， 呈現該通路最新的圖解、描述、引用、下載選項、版本歷史以及成分基因和蛋白質列表。
且其資料資訊支援免費下載， 下載格式也有很多， 如文本格式、圖片格式和GPML格式， 後者可與Cytoscape、GenMAPP和PathVisio等通路視覺化軟體相相容。
4.Reactome
網址：http://www.reactome.org/
Reactome是一個免費開源的通路資料庫， 提供直觀的生物資訊學工具， 用於視覺化、解釋和分析途徑相關知識， 以支持基礎研究、基因組分析、建模、系統生物學研究等。
Pathway注釋由生物學專家與Reactome編輯人員合作編寫， 並交叉引用許多生物資訊學資料庫。 這些包括NCBI Gene資料庫， Ensembl和 UniProt資料庫， UCSC基因組流覽器， KEGG 化合物和ChEBI小分子資料庫，
5.Cell Signaling Technology
網址：https://www.cellsignal.com/contents/science/cst-pathways/science-pathways
Cell Signaling Technology所研發的軟體工具可以用於界定隱藏在細胞功能和疾病中的機制， 並擁有一個以蛋白質複合物信號為主的通路資料庫。 他們也提供基於蛋白質複合物的細胞過程調控的功能障礙相關疾病狀態基因資訊。
6.BioCarta Pathway
網址：https://cgap.nci.nih.gov/Pathways/BioCarta_Pathways
CGAP網站上的通路直接從 BioCarta 和 KEGG 獲得。
7.Pathway Commons
網址：http://www.pathwaycommons.org/
Pathway Commons是一個彙集了來自眾多資源的多個物種的公開獲取通路資料， 也包含其他多種通路資料庫。 裡面的通路資訊包括生化反應， 複合物組裝、轉運和催化事件， 以及涉及蛋白質複合物、DNA、RNA、小分子化合物和配合物在內的物理相互作用。
這個資料庫是一個通路資訊的中央資料庫， 使用的是標準生物路徑交換（BioPAX）格式把通路資訊整合為一體。 且其主頁並不複雜， 左Pathway分析， 右互作分析， 頁面再往下就是一些功能介紹、常用下載等等。
8.PID資料庫
網址：http://pid.nci.nih.gov/
該資料庫是人類細胞信號通路的資料庫， 存儲了大量的信號通路和關鍵的反應以及各種分子互作。
繪製通路圖的常用軟體
1.IBS（Illustratorfor Biological Sequences）
網址：http://ibs.biocuckoo.org/download.php
該軟體是由華中科技大學薛宇教授的團隊CUCKOO做的， 非常適合繪製基因結構、序列互作結合的示意圖。 點擊《有了這款作圖神器， 我也可以蹭蹭研究熱點了...》可查看該軟體的具體操作流程。
2.ScienceSlide
ScienceSlide是一款專門做醫學圖片的ppt外掛程式， 安裝後， 會在PPT介面出現一個工作條， 包括了常用元件、信號通路、方法學、生物化學、分子生物學等幾千種素材。
只需要選擇相應的範本就可以在此基礎上， 進行文字及分子形狀的修改而後做成精緻無比、賞心悅目的示意圖。
3.Pathway Builder
這是一款專業的細胞信號通路繪圖軟體，功能強大，體積容量比較小，使用方便。
軟體自帶基本元素（分子、細胞、模式生物、甚至人體組織器官及系統的）範本，還自帶很多經典通路，在上面可以直接修改，非常方便。
回復“通路”，可獲取2和3的軟體下載連結。
3.Pathway Builder
這是一款專業的細胞信號通路繪圖軟體，功能強大，體積容量比較小，使用方便。
軟體自帶基本元素（分子、細胞、模式生物、甚至人體組織器官及系統的）範本，還自帶很多經典通路，在上面可以直接修改，非常方便。
回復“通路”，可獲取2和3的軟體下載連結。