大蛇丸雖然叛逃木葉， 但是一直以來三代火影猿飛日斬把他當成自己最傑出的弟子， 三代火影曾評價他“個才華洋溢的少年， 一個數十年才出一個的天才”， 因此非常的器重。
三代火影對他的器重甚至超過了理性， 因為在大蛇丸小時候， 三代火影就從他的眼神中看出黑暗， 但是由於三代火影非常的惜才， 自動忽略了這點黑暗， 認為他可以慢慢變好， 但是隨著戰爭的發生， 大蛇丸的黑暗心理逐漸擴大。
他父母的死以及綱手弟弟的死都加劇了他對生命的渴望， 從此大蛇丸改信科學， 不在執著忍術的開發。 所有的這一切都還是偷偷的進行， 直到波風水門的崛起。
如果說大蛇丸是幾十年難遇的天才， 那麼波風水門就是數百年難遇的天才，
大蛇丸被淘汰有兩個原因， 一是在第三次忍者大戰中戰功不如波風水門，
看大蛇丸管理音忍就能知道， 首先是同伴之間的不信任， 大蛇丸的手下尤其是高級幹部沒有誰是相互信任的，
其次他會把木葉改成他的實驗室， 木葉有很多血繼界限以及特殊的家族忍術， 這些對大蛇丸來說都是寶貴的財富， 所有有價值的人都會成為他研究的物件。
再次木葉的科技水準會飛升幾個檔次，尤其是有這麼多的血繼界限供他利用，可以創造出很多強大的生化人，甚至可以跟曉組織抗衡，讓更多的人擁有血輪眼，但是獲得這些東西的代價是其他人的生命。
再次木葉的科技水準會飛升幾個檔次，尤其是有這麼多的血繼界限供他利用，可以創造出很多強大的生化人，甚至可以跟曉組織抗衡，讓更多的人擁有血輪眼，但是獲得這些東西的代價是其他人的生命。