有機肥料含有多種養分,有豐富的有機物,可以加強微生物的活動,肥效持久,不僅可以陸續供應作物營養的需要,還可以改良土壤的水、熱和通氣的條件,增進土壤熟化。 有機肥料釋放出的大量CO2可以供植物營養之用；有機肥料中的腐殖質,則有刺激植物生長和吸收礦質養分的功效。
土壤中的有機質能顯著改善土壤的理化性狀， 使土壤耕性變好， 滲水能力增強， 提高土壤蓄水、保肥、供肥和抗旱防澇能力， 增產明顯， 這是化肥不能替代的。 增加土壤有機質的方法主要是增施有機肥， 包括人畜糞尿、土雜肥、秸稈、商品有機肥等。
中國自古就是農業大國， 有著悠久的農耕歷史， 在肥料發展上也有著長期累積下來的經驗， 其中有機肥料一直佔據重要的位置， 在過去傳統農業生產中， 有機肥發揮了重要作用。 隨著現代工業發展， 化肥的施用亦越來越廣泛，
隨著農業現代化的不斷發展， 有機肥在農業生產中的作用重新受到重視， 用有機肥種出的農產品口感佳， 能夠有效保持瓜果蔬菜等本身特有的營養和味道。 有機肥料不僅可以阻止生態環境的惡化， 提高環境品質， 而且在農業生產方面也發揮著巨大的作用。
提高土壤的培肥地力作用
土壤中的微量元素95%以不溶態形式存在， 不能被植物吸收利用， 而微生物代謝產物中含有大量的有機酸類物質， 這些物質就像在冰塊中加入的熱水一樣， 很快就能把微量元素如鈣、鎂、硫、銅、鋅、鐵、硼、鉬等植物必需的礦物元素溶解， 變成可以被植物直接吸收利用的營養元素， 大大增加了土壤的供肥能力。 有機肥料中的有機質增加了土壤中的有機質含量，
提高土壤品質， 土壤微生物繁殖
有機肥料可以使土壤中的微生物大量繁殖， 特別是許多有益的微生物，
提供農作物所需全面營養
有機肥料含有植物所需要的大量營養成分、微量元素、糖類和脂肪。有機肥分解釋放的CO2可作為物光合作用的材料。有機肥還含有氮、磷、鉀5%三要素，有機質45%，可為農作物提供全面的營養。同時，不得不提的是有機肥在土壤中分解，能夠轉化形成各種的腐殖酸是一種高分子物質，具有很好的絡合吸附性能，對重金屬離子有很好的絡合吸附作用，能有效地減輕重金屬離子對作物的毒害，並阻止其進入植株中，並且保護植腐殖酸物質物的根莖。
增強農作物抗病、抗旱、耐澇能力
有機肥含有維生素、抗生素等，可增強農作物抗性，減輕或防止病害發生。有機肥施入土壤後，可增強土壤的蓄水保水能力，在乾旱情況下，能增強作物的抗旱能力。同時，有機肥還可使土壤變得疏鬆，改善作物根系的生態環境，促進根系的生長，增強根系活力，提高作物耐澇能力，減少植物的死亡率，提高了農產品的生存率。
提高食品的安全性、綠色性
國家早已明文規定：農業生產過程必須限制無機肥料的過量使用，有機肥料才是生產綠色食品的主要肥源。由於有機肥料中各種營養元素比較完全，而且這些物質完全是無毒、無害、無污染的自然物質，這就為生產高產、優質、無污染的綠色食品提供了必須條件。前面說的腐殖酸物質，可以減輕重金屬離子對植物的危害，也就相當於減少了重金屬對人體的危害。
提高農作物產量
有機肥中的有益微生物利用土壤中的有機質，產生次級代謝物，其中含有大量的促生長類物質。如生長素，能促進植物伸長生長，脫落酸能促進果實成熟，赤黴素能促進開花坐果，增加開花數、保果率，提高產量，使果實飽滿，色澤鮮嫩，還能提早上市，達到增產增收。
減少養分流失，提高化肥利用率
化肥的實際利用率只有30%～45%。損失的化肥一部分分解釋放到大氣中，一部分則隨著水土流失掉了，還有一部分被固定在土壤中，不能被植物直接吸收利用。當施入有機肥後，由於有益生物活動改善了土壤結構，增加了土壤保水保肥能力，從而減少了養分的流失。加上有益微生物解磷解鉀作用，能使化肥有效利用率提高到50%以上。
有機肥的優勢說明了它的不可替代性，相比化肥，未來人們都會相應的偏向選擇有機肥料，有機肥的廣泛使用，有效降低農業生產成本，減少環境污染，符合現代農業可持續發展的要求。
這些物質施到土壤後，可大大提高土壤的酶活性。長期持久使用有機肥可以改善土壤的品質。從根本上改善提高了土壤的品質，就不怕種不出優質的果實。
提供農作物所需全面營養
有機肥料含有植物所需要的大量營養成分、微量元素、糖類和脂肪。有機肥分解釋放的CO2可作為物光合作用的材料。有機肥還含有氮、磷、鉀5%三要素，有機質45%，可為農作物提供全面的營養。同時，不得不提的是有機肥在土壤中分解，能夠轉化形成各種的腐殖酸是一種高分子物質，具有很好的絡合吸附性能，對重金屬離子有很好的絡合吸附作用，能有效地減輕重金屬離子對作物的毒害，並阻止其進入植株中，並且保護植腐殖酸物質物的根莖。
增強農作物抗病、抗旱、耐澇能力
有機肥含有維生素、抗生素等，可增強農作物抗性，減輕或防止病害發生。有機肥施入土壤後，可增強土壤的蓄水保水能力，在乾旱情況下，能增強作物的抗旱能力。同時，有機肥還可使土壤變得疏鬆，改善作物根系的生態環境，促進根系的生長，增強根系活力，提高作物耐澇能力，減少植物的死亡率，提高了農產品的生存率。
提高食品的安全性、綠色性
國家早已明文規定：農業生產過程必須限制無機肥料的過量使用，有機肥料才是生產綠色食品的主要肥源。由於有機肥料中各種營養元素比較完全，而且這些物質完全是無毒、無害、無污染的自然物質，這就為生產高產、優質、無污染的綠色食品提供了必須條件。前面說的腐殖酸物質，可以減輕重金屬離子對植物的危害，也就相當於減少了重金屬對人體的危害。
提高農作物產量
有機肥中的有益微生物利用土壤中的有機質，產生次級代謝物，其中含有大量的促生長類物質。如生長素，能促進植物伸長生長，脫落酸能促進果實成熟，赤黴素能促進開花坐果，增加開花數、保果率，提高產量，使果實飽滿，色澤鮮嫩，還能提早上市，達到增產增收。
減少養分流失，提高化肥利用率
化肥的實際利用率只有30%～45%。損失的化肥一部分分解釋放到大氣中，一部分則隨著水土流失掉了，還有一部分被固定在土壤中，不能被植物直接吸收利用。當施入有機肥後，由於有益生物活動改善了土壤結構，增加了土壤保水保肥能力，從而減少了養分的流失。加上有益微生物解磷解鉀作用，能使化肥有效利用率提高到50%以上。
有機肥的優勢說明了它的不可替代性，相比化肥，未來人們都會相應的偏向選擇有機肥料，有機肥的廣泛使用，有效降低農業生產成本，減少環境污染，符合現代農業可持續發展的要求。