《本草綱目》是明代醫藥學家李時珍撰寫的一部著名藥物學專著， 其中不乏對花的論述。 作為中藥， 花卉的直接貢獻是在對疾病的預防、治療、康復上。
用於內科系統疾病治療的有：菊花、紅花、木槿花、鬱金香、雞冠花、淩霄花、槐花、芫花、檗花、山慈姑花、羊躑躅花等，
用於外科系統疾病治療的有：野菊花、金銀花、月季花、紅花、山丹花、雞冠花、紫荊花、葵花、栗花、蓮花、李花、桃花、梨花、槐花、芫花、木瓜花、櫻桃花、辛夷花、旋覆花、蒺藜花等， 治病範圍涵蓋瘡瘍腫毒、瘰鬁癰疽、白禿頭瘡、面浮腮腫、乳頭皸裂、痔漏脫肛等疾病。
用於婦科系統疾病治療的有：淩霄花、紫薇花、丁香花、梔子花、紅花、芫花、松花、雞冠花、景天花、扁豆花、槐花、李花、桃花等， 治療範圍涉及“經、帶、胎、產”疾患中的方方面面。
用於兒科系統疾病治療的有：旋覆花、淩霄花、紅花、麗春草花、山胭脂花、山石榴花、黃蜀葵花、曼陀羅花、幹漆花等。 治療範圍包括小兒眉癬、?耳、木舌、解顱、拒乳、黃疸、慢驚風等。
此外， 《本草綱目》中還有用白菊花、枇杷花、辛夷花、丁香花、紅花、穀精草花、密蒙花、青桐子花、雞舌香花等， 可治療目疾、喉疾、鼻疾、齒疾等多科疾病。
中醫對花的用法也非常考究， 內服的包括水調服、嚼咽、蒸汁服、搗汁服、米飲服下、乳汁送下、蜜調下、醋和下、湯調下、酒調下等30多種；外用的包括塗、埋、擦、貼、敷、佩、納、含、揩、吹、染、熏、洗、點、浴等20多種。 還有內服與外用相結合的， 如以野菊花連葉搗爛後酒煎服， 以渣敷之， 治癰疽疔腫；以金鳳花等煎湯洗浴，