檢察機關提起公益訴訟制度已在全國範圍內正式實施。 賦予檢察機關提起民事公益訴訟、行政公益訴訟職責， 對於維護國家利益和社會公共利益具有重大意義。
顯然， 訴訟時效和起訴期限的設定是為了喚醒“權利的睡眠者”， 維護社會關係的穩定， 故現行民事訴訟法、行政訴訟法為當事人提起民事訴訟與行政訴訟設定了一定的期限。 筆者認為， 檢察機關提起公益訴訟， 不同于普通民事訴訟和行政訴訟， 所以， 檢察機關提起民事公益訴訟應不受訴訟時效限制， 提起行政公益訴訟可設定兩年的起訴期限。
檢察機關提起民事公益訴訟不受訴訟時效的限制主要基於兩點考慮：
第一， 檢察機關提起公益訴訟的職能定位。 檢察機關作為國家法律監督機關， 其提起民事公益訴訟是代表國家維護社會公共利益， 不是追求私人利益。 訴訟時效的設定是為了督促權利人及時行使訴權， 維護自身權利， 而檢察機關提起民事公益訴訟是由於其他權利主體怠於行使權利或者主體缺位， 與訴訟時效利益並不矛盾。
第二， 提起訴訟的權利基礎不同。 普通當事人提起的民事訴訟請求權是基於一定的權利基礎， 也就是說， 權利人必須有債權、物權等基礎權利， 當該權利遭受他人侵害時， 權利人可以要求他人停止侵害等，
檢察機關提起行政公益訴訟的起訴期限可設定為兩年， 原因有以下幾方面：
第一， 起訴期限長短的確定來源於法律所追求的自由、公正價值與秩序、效率價值的平衡。 法律賦予行政相對人以訴權是為了給予行政相對人尋求維護自身權利的機會， 並盡可能地尋求公平正義， 而法律同樣也應維護行政管理秩序的穩定，
第二， 檢察機關提起行政公益訴訟存在訴前程式， 因此， 檢察機關提起行政公益訴訟的起訴期限相較于普通行政訴訟起訴期限應更長一點。 最高人民法院《關於執行〈中華人民共和國行政訴訟法若干問題的解釋〉》第41條規定：“行政機關作出具體行政行為時， 未告知公民、法人或者其他組織訴權或者起訴期限的， 起訴期限從公民、法人或者其他組織知道或者應當知道訴權或者起訴期限之日起計算，
第三， 檢察機關提起公益訴訟的案件線索限定在“履行職責中發現”， 那麼， 檢察機關提起行政公益訴訟的起算點可從發現或者應當發現行政機關未依法履行法定職責行為侵害了國家利益或者社會公共利益或者嚴重危及國家利益和社會公共利益之日起計算。
有鑑於此， 關於檢察機關提起行政公益訴訟的起訴期限， 可作如下規定：檢察機關應從發現或者應當發現行政機關未依法履行法定職責的行為侵害國家利益和社會公共利益或者嚴重危及國家利益和社會公共利益之日起二年內提起行政公益訴訟。