新華社東京4月20日電繼日本農林水產省後， 文部科學省20日也宣佈找到相關檔， 證實愛媛縣和加計學園的相關人士曾為新設獸醫學院而拜訪首相官邸。
文部科學大臣林芳正20日在記者會上說， 文部科學省內部找到一封2015年4月2日發自內閣府的電子郵件紙質列印檔案， 文件稱“（愛媛縣和加計學園的相關人士）今日15時將與（安倍晉三）首相秘書柳瀨（唯夫）會面”。
內閣府20日表示， 該部門並未找到相關郵件。 但文部科學省公佈的資料顯示， 相關郵件的發送人是內閣府當時的一名官員。 這名官員聲稱對此事沒有印象，
愛媛縣知事中村時廣10日證實， 找到相關文件證明當地政府和加計學園的相關人士曾為新設獸醫學院一事拜訪首相官邸， 並與時任首相秘書、現任經濟產業審議官柳瀨唯夫會面。
13日， 農林水產大臣齋藤健證實在該部門找到相關檔， 內容與愛媛縣政府發現的檔基本一致。 這是日本中央政府部門首次正式承認相關檔的存在。
柳瀨本人一直堅稱自己對會面之事沒有印象， 但相關檔接二連三被曝光， 也進一步引發各界對柳瀨的質疑。
2017年5月， 《朝日新聞》披露了部分被懷疑是文部科學省內部檔的材料， 其中部分檔標注“加速推進新設獸醫學院是‘來自官邸最高層的指示’”。