表現不同：魚類病原體疾病一般表現為品種、規格單純， 數量較少。 中毒性疾病表現為品種、規格齊全， 通常是全池性的。
病理反應不同：魚類病原體疾病有比較明顯的特異性病理反應。 中毒性疾病尤其是急性中毒， 主要表現為魚類活動規律的變化。
有無病原體：魚類病原體疾病可以通過顯微鏡檢查觀察到病原體（如寄生蟲、細菌）， 有的甚至肉眼都能觀察到， 如貓頭鰠等。 中毒性疾病無病原體。
病程不同：病原體疾病要引起病魚死亡最快都要數天甚至1星期~2星期， 且病魚死亡呈現零星、持續時間長等狀態。
體表症狀不同：病原體疾病的病魚體表往往有血斑、膿腫、潰瘍。 中毒性疾病， 魚體表一般沒有這些症狀。
有無污染源：中毒性疾病有的有明顯的污染源， 如化工廠排放廢水， 且水中pH值發生變化等特徵以及各種魚類對不同化學物的不同反應特徵， 且通過一定的化學分析檢測技術可以確定有毒物的名稱和含量。
體型瘦弱不同：病原體引起死亡的魚類一般呈現體色暗淡、消瘦、頭大尾小等症狀。 中毒死亡魚類的肥滿度與正常魚類沒有區別， 尤其是急性中毒死亡的魚類。