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蘇州醫工所在腫瘤影像基因組學研究中取得進展

近年來, 我國腫瘤發病率明顯上升, 惡性腫瘤位於我國城市居民主要疾病死亡率首位。 腫瘤防治工作具有重大社會意義與科學價值, 腫瘤療效與預後評估是其中的關鍵研究領域。 腫瘤標記物是腫瘤發生發展以及療效好壞的重要指標, 在腫瘤療效與預後評估中起著至關重要的作用, 如何找出有效的腫瘤標記物是當前研究的重要挑戰。

隨著分子技術的發展, 特別是下一代基因測序技術的發展, 通過基因或蛋白質分子技術, 從癌症的分子機制去探索其發生的根源, 尋找致癌基因的突變位點和癌症基因的分子表達通路,

獲取分子標記物, 已成為當前腫瘤標記物研究的主流。 其突出特點是生物分子層次的解釋性強, 但獲取上述分子標記物的費用及技術門檻高, 需借助手術或穿刺活檢侵入性採樣, 只能單點單次採集, 無法全面描述腫瘤組織的時間與空間異質性。

隨著醫學影像技術的快速發展, 通過醫學影像可無創、即時、可重複地獲取腫瘤全域形態與分子功能資訊, 借助模式識別、機器學習等圖像分析手段, 構建與預後或療效顯著相關的腫瘤影像標記物。 通過影像標記物, 可對腫瘤進行早期診斷, 並能在治療過程中隨時跟蹤腫瘤的發展情況。 但影像標記物可解釋性不強, 尤其是缺乏潛在的生物和分子機制的解釋。

開展腫瘤影像基因組學研究, 結合影像學和基因組學各自優勢, 探索影像標記物與分子標記物的關聯, 可將分子層次資訊(如基因表達量、致癌基因的表達通路等)融入影像學方法, 有潛力發現無侵入且生物學可解釋性強的預後影像學標記物, 從而促進影像學標記物在個體化醫療的應用與發展, 在腫瘤療效與預後評估、新治療靶點和腫瘤生物機制理解方面, 均具有積極意義。

中國科學院蘇州生物醫學工程技術研究所醫學影像室高欣、夏威、陳穎、張睿等人以肝細胞癌為實驗物件, 開展了影像基因組學的初步研究。 該研究獲取了癌症基因圖譜資料庫(The Cancer Genome Atlas, TCGA)上 371 例肝細胞癌患者基因表達資料與總生存期,

及其中 38 例患者的增強 CT 資料。 針對 CT 資料, 採用基於體素的子區域聚類方法, 將腫瘤區域劃分為 3 個子區域。 從各子區域中, 提取了影像組學特徵, 並採用穩定性和冗餘性分析方法篩選影像特徵。 針對基因表達資料, 採用權重基因共表達網路分析(WGCNA), 獲取多個基因模組, 並分析總生存期資料, 得到具有生存期預測能力的預後基因模組。 為了理解預後基因模組的生物學功能解釋, 對基因模組注釋分析。 通過構建影像特徵與預後基因模組的 Spearman 秩相關矩陣, 找出了與基因模組顯著相關的影像特徵。 最後利用 Cox 比例風險回歸模型, 評估了這些影像特徵的總生存期預測能力。

研究結果表明, 8 個影像組學特徵與基因模組顯著相關,

最終確定其中 2 個影像組學特徵有潛力作為肝細胞癌生存期預測的影像學標記物。 其中, 子區域體積分數 (volume fraction_2), 與代表癌症相關通路的 6 個基因模組均顯著相關, 且該影像特徵與肝細胞癌患者的總生存期(P =0.022, 風險比 =0.24)顯著相關;描述腫瘤子區域異質性的紋理特徵集群突出 (cluster prominence_3), 與代表脂肪代謝和補體活動的基因模組顯著相關, 且也與總生存期(P=0.021, 風險比 =0.17)顯著相關。

相關研究結果發表於 Physics in Medicine and Biology。 該研究工作得到了國家自然科學基金(81571772)等專案資助。

論文資訊:Wei Xia, Ying Chen, Rui Zhang, Zhuangzhi Yan, Xiaobo Zhou, Bo Zhang, Xin Gao*,Radiogenomics of Hepatocellular Carcinoma: Multiregion Analysis-Based Identification of Prognostic Imaging Biomarkers by Integrating Gene Data——A Preliminary Study, Physics in Medicine and Biology, 2018, 63(3).

圖 1. 腫瘤增強 CT 圖像子區域聚類分割結果, 第一列是原始 CT 圖像, 第二列是腫瘤區域局部熵特徵熱圖, 第三列是生成的 3 個不同顏色代表的子區域。

圖 2. 採用 WGCNA 方法獲得的基因聚類樹狀圖及基因模組。(a)基因樹狀圖,每種顏色表示一個基因模組;(b)每個基因模組中基因的數量。

圖 3. Kaplan-Meier 生存分析曲線圖。(a)與(b)分別顯示了影像特徵“volume fraction_2”與“cluster prominence_3”對總生存期的預測能力。可以看出影像特徵值較大的患者生存率較高(紅線),反之則生存率較低(藍線)。

圖 2. 採用 WGCNA 方法獲得的基因聚類樹狀圖及基因模組。(a)基因樹狀圖,每種顏色表示一個基因模組;(b)每個基因模組中基因的數量。

圖 3. Kaplan-Meier 生存分析曲線圖。(a)與(b)分別顯示了影像特徵“volume fraction_2”與“cluster prominence_3”對總生存期的預測能力。可以看出影像特徵值較大的患者生存率較高(紅線),反之則生存率較低(藍線)。

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