1851年開始的太平天國運動席捲了半個中國， 這場聲勢浩大的運動帶來的影響也是空前的， 滿清王朝統治受到了極大衝擊， 中國最富裕的江浙地區生產力遭到了極大破壞， 中國戶籍人口損失過億超過兩次世界大戰死傷人口的數量， 而在這場運動中綿延兩千多年被奉為“至聖先師”的孔老夫子遭受到了前所未有的批判。
太平天國興起之時視孔教為異教， 所到之處孔廟被毀， 學堂被砸， 典籍盡焚。 1853年太平軍佔領南京， 改名天京定都於此， 發展到極盛。 立足之後對孔子及儒家思想的毀滅性的清洗開始了， 在蘇杭等地有大量書館， 許多儒家經典被一把火燒光。 不僅如此太平天國進行了大規模禁書， 四書五經被定性成“妖書”凡有私藏著處以重罰， 很多典籍成為了廁紙， 太平天國斯文掃地。 曾國藩痛心疾首， 發誓消滅長毛。
在毀滅儒學的同時在洪秀全的授意下大量由他撰寫的詩文被出版， 大多通俗易懂， 但在知識份子眼中實在俗不可耐。 隨著太平天國的發展洪秀全發現沒有了儒家思想作指導就無法進行制度的制定， 在分封兩千多個王爺， 制定長幼尊卑確實離不開這些“法寶”， 於是洪秀全對孔老夫子的態度發生了轉變。
洪秀全曾經對自己的做法進行了一段科學的解釋， 大體內容如下“孔子最初在天堂的時候由於不懂規矩受到了很多責罰， 但是上帝還是選擇了原諒他， 讓他在天堂附近的菜地進行勞動改造， 覺得勞動教育合適之後，