首先說明一下， 在《火影忍者》中， 一個小隊並非三個人， 你說的三個人是忘記隊長了吧， 其實木葉村一個小隊有四個人， 比如旗木卡凱西的第七小隊， 有宇智波佐助、漩渦鳴人和春野櫻， 加上隊長一共就有四個人了。
一個小隊有四個人是有說法的， 一般隊長是中忍及以上級別擔任， 隊員最低級別為下忍。 這樣的設定是有好處的， 人太多不容易指揮， 人太少的話起不到團隊合作， 四人中一般會配一個醫療忍者， 其它的就是攻擊型、控制型和防禦型等等忍者， 而有的組合是特別的， 比如豬鹿蝶小組， 都是代代相傳秘術， 完美的配合在團隊作戰中非常強。
至於曉組織的成員都是2個人， 這是應該是設定的問題， 宇智波帶土當年建立第二代的曉組織的時候， 說過除了自己， 主要組織十個人的成員， 之後就全世界尋找成員， 分別是宇智波鼬、飛段、迪達拉、角都、大蛇丸、幹柿鬼鮫、蠍、小南、佩恩和絕一共十人， 如果分組的話， 只能兩個人一組了， 三個人和四個人與五個人的話不合理。
加上曉組織裡面每個成員的實力強的可怕， 就夠難對付的， 如果三四個人一組， 那實力還得了， 主角是如何也不是對手的， 兩個人一組算合適的。