應用寶安全防線的基礎是山寨應用識別系統， 通過機器智慧對惡意程式碼分析並提取特徵， 再通過安全引擎等能力， 將APP與惡意程式碼特徵庫不斷比對、監控。 而在機器排查之外， 再輔助以人工確認核實， 大力提升山寨應用打擊的效率與力度， 有效打擊病毒、惡意扣費等行為。
針對惡意吸費的APP,應用寶還專門打造了“用戶保障計畫”， 並投入千萬保障金為用戶的手機支付“保駕護航”。 該計畫覆蓋了在應用寶上線的協力廠商支付、手機電商、手機團購、手機理財、手機銀行、手機生活這六類手機購物支付類APP。
除用戶保障先行賠付計畫外， 為了從根本上保障用戶的支付安全， 應用寶嚴格制定了一套針對APP廠商的管理評級體系， 根據相關資料對開發商進行打分。 對於綜合評分不合格的開發商， 會要求其下線， 或者等整體改進後達到應用寶上線標準之後， 才允許重新上線， 這樣一來用戶在應用寶遭遇山寨、惡意應用的幾率就大大降低。
其實， 具有安全隱患的軟體並非無跡可尋， 這種APP往往據有獨特的代碼特徵， 基於此， 應用商店完全可以從技術上做到有效防範。 應用寶建立了一個“APP上架審核——日常巡查——用戶監督舉報”的完整閉環，