與放牧相比， 規模化飼養可大幅度的提高生產效率， 減少環境破壞， 利於標準化飼養和規模化管理， 但疾病防治問題較之牧區顯得更為突出。
1、飼養模式的轉變導致疾病的改變
隨著農區規模化養羊業的不斷發展和牧區千家萬戶養殖數量的不斷增加， 以前小養殖戶的幾十頭規模逐漸被上百頭甚至更大規模的養殖規模所代替， 由散養到集約化、規模化飼養是發展趨勢。 隨著養殖量、養殖密度的增加、飼養方式的改變羊病的流行和危害也發生了變化、如在散養中很少發生的羊傳染病胸膜炎肺炎已經成為危害規模化羊場的主要疾病，
2、養殖技術不規範導致疾病複雜化、常態化
幾乎所有養殖大戶均未實行嚴格的人員出入消毒措施， 日常環境消毒和疾病預防為主的觀念很淡， 認為羊一般無大病。
3、傳染病暴發風險加大
傳染病由病毒、細菌類病原微生物引起， 主要通過直接、間接接觸或氣溶膠大範圍、遠距離傳播， 對養羊業的危害往往是災難性的。 飼養環境和飼養方式的改變， 改變了羊群所處的病原生態圈和衛生條件， 加大了傳染病的發生風險。
4、寄生蟲病嚴重流行
寄生蟲病主要導致羊生長發育緩慢， 飼料報酬降低，