終南山山水如畫， 深谷大川眾多， 佛寺眾多。 中國佛教的宗派共有六宗的祖庭或中心寺院是在終南山一帶， 終南山可謂是它們的發祥地。 這六宗的祖庭或中心寺院如下：
草堂寺， 三論宗祖庭。 在戶縣境內終南山北麓的圭峰腳下。 始建于西晉， 姚秦時稱為“大寺”。 弘始三 年(401)至十三年(413)， 龜茲高僧鳩摩羅什應秦主姚興之請， 在逍遙園—大寺建立中國第一 個國立譯經場， 譯出經律論三藏經典。 由於本宗依“三論”而立宗， 推鳩摩羅什為本宗初祖， 大寺也便成了該宗的祖庭 。 魏周之際， 大寺分為草堂、常住、京兆王寺、大乘等四寺， 獨草堂寺存留今。
至相寺， 又名國清寺， 華嚴宗祖庭。 位於終南山天子峪， 是我國佛教華嚴宗的發祥地之一。 隋文帝開皇初年， 由靜淵法師始建， 唐朝曾予重建。 至相寺在隋唐時極盛， 高僧輩出， 後漸淩夷。 宋元明三代興衰無考。 清代稱國清禪寺。 華嚴宗的初祖法順、二祖智儼、三祖賢首國師法藏都曾在此研習、弘揚《華嚴經》義。 後人只是因為法順寂後葬于樊川北之少陵原華嚴寺才稱此為祖庭， 這其實是欠確切的 ， 真正的祖庭應當是至相寺。
淨業寺， 律宗祖庭。 位於終南山北麓灃峪口內柳林坪（昔名清官村）後庵山上。 始建于隋末。 唐初， 道宣律師常住此寺， 潛心研習弘揚律學。 麟德二年（665）， 奉詔於此寺內創設戒壇授戒。 因此寺地處南山， 故道宣律師依《四分律》而創立的律宗亦稱南山宗。 師寂後， 門徒于寺後峰起舍利塔供養， 今寺後石崖間仍有其靜修遺址。
百塔寺， 三階教祖庭。 位於終南山天子峪至鳥鳴塢。 開皇十四年(594 )， 三階教創始人信行和尚入寂後葬於此， 因成塔院。 後代僧人慕其德行， 死後亦多建塔於 此。 唐大曆六年(771)， 正式更名百塔寺， 宋以後稱興教院。 明代秦藩重修，
香積寺，淨土宗祖庭。位於終南山北子午峪口外數裡處。據《隆禪法師碑》載，唐永隆二年(681)，淨 土宗的創始人善導和尚入寂，弟子懷惲為其崇靈塔于神禾原。“其地前終(南山)峰之南鎮， 後帝城之北裡”。“歌鐘沸出，移上界於陰門；泉流激灑，比連河于陽面”。又於塔側“廣 構伽藍，莫不堂殿崢嶸，遠模忄刃利；樓臺 岌山業，直寫祗園”。環境清幽，寺宇雅致。王維有詩雲：“不知香積寺，數裡入雲峰。古木 無人徑。深山何處鐘?泉聲咽危石，日色冷青松。薄霧空潭曲，安禪制毒龍。”寺院建成後 ，不僅成了淨土宗祖師的塔院，而且成了弘揚淨土宗的中心道場，懷惲、淨業相繼充任寺主 ，繼續弘揚淨土教義。由於善導正式創立了淨土宗，香積寺也因此成為本宗的祖庭。
大慈恩寺，法相唯識宗的祖庭。大慈恩寺是世界聞名的佛教寺院，唐代長安的四大譯經場之一，也是中國佛教法相唯識宗的祖庭，迄今已曆1350餘年。地處長安城南、終南山北，創建于唐太宗貞觀二十二年（西元648年），是唐貞觀二十二年（648）太子李治為了追念他的母親文德皇后而建。大慈恩寺是唐長安城內最著名、最宏麗的佛寺，它是唐代皇室敕令修建的。玄奘法師曾在這裡主持寺務，領管佛經譯場，創立佛教宗派。
香積寺，淨土宗祖庭。位於終南山北子午峪口外數裡處。據《隆禪法師碑》載，唐永隆二年(681)，淨 土宗的創始人善導和尚入寂，弟子懷惲為其崇靈塔于神禾原。“其地前終(南山)峰之南鎮， 後帝城之北裡”。“歌鐘沸出，移上界於陰門；泉流激灑，比連河于陽面”。又於塔側“廣 構伽藍，莫不堂殿崢嶸，遠模忄刃利；樓臺 岌山業，直寫祗園”。環境清幽，寺宇雅致。王維有詩雲：“不知香積寺，數裡入雲峰。古木 無人徑。深山何處鐘?泉聲咽危石，日色冷青松。薄霧空潭曲，安禪制毒龍。”寺院建成後 ，不僅成了淨土宗祖師的塔院，而且成了弘揚淨土宗的中心道場，懷惲、淨業相繼充任寺主 ，繼續弘揚淨土教義。由於善導正式創立了淨土宗，香積寺也因此成為本宗的祖庭。
大慈恩寺，法相唯識宗的祖庭。大慈恩寺是世界聞名的佛教寺院，唐代長安的四大譯經場之一，也是中國佛教法相唯識宗的祖庭，迄今已曆1350餘年。地處長安城南、終南山北，創建于唐太宗貞觀二十二年（西元648年），是唐貞觀二十二年（648）太子李治為了追念他的母親文德皇后而建。大慈恩寺是唐長安城內最著名、最宏麗的佛寺，它是唐代皇室敕令修建的。玄奘法師曾在這裡主持寺務，領管佛經譯場，創立佛教宗派。