1、酸臭、腥臭底質
主要是由於清塘不徹底、養殖過程投餌過剩、沒有採取措施定期改良底質等。
2、板結底質
多次大量使用化肥肥水、過量使用硫酸銅殺蟲殺藻劑、大量使用生石灰等藥物， 造成底質板結。
3、“泥皮”底質
大量老化死亡藻類和懸浮膠體沉積物沉澱於底部， 在微生物作用後， 會變成浮皮、並在水體表面形成大量泡沫等。
4、“渾濁”底質
有機質殘留過多， 且得不到充分氧化分解， 以膠體形式釋放並懸浮於水體中， 造成水質“渾濁”。 或養殖密度過大， 引起水質“渾濁”。
1、物理方法
清塘挖淤一般在冬季或早春等生產閒季進行。 此法成本低、適應性強。 池底再經過冰凍日曬(“冬幹”)， 促進有機物質的分解， 消滅病原體和其他有害生物。
除了清淤外， 經常攪動塘底， 翻松塘底的淤泥， 並使池水上下混合， 也能促進池塘底部有機質的分解， 並重新釋放出底泥中沉積的營養鹽類，
2、化學方法
生石灰清塘。 使用時可幹池清塘或帶水清塘。 帶水清塘一般是在總鹼度、總硬度及pH值都偏低的池塘， 及時合理地施用石灰;而池水和底質中鈣離子濃度較大、鹼度較高， 則不必施生石灰。 除生石灰外， 還可選用化學複合型底質改良劑。
3、生物方法
在老化污染蝦池中移植沙蠶等底棲生物， 並培育成優勢種群， 可大量攝食蝦池中的殘餌、糞便以及其它生物屍體和有機碎屑， 減緩了蝦池底部有機物的積累。 光合細菌以及複合益生菌等微生物製劑也能對池塘底質進行改良。
常見的底質改良劑1、吸附型：如沸石粉、麥飯石、活性炭等。
2、絮凝型：以聚合氯化鋁、硫酸鋁、明礬等絮凝劑為代表， 但是容易使用後也會加重底層缺氧。 (不建議使用)
3、活菌降解型：目前市面很多生物底改， 主要成分為枯草芽孢桿菌、硝化細菌、反硝化細菌和部分沸石粉作為活菌載體， 有時還會添加腐殖酸鈉、微量元素等。