《合金戰士：特種部隊》是一款未來派戰術射擊遊戲， 同樣採用“Chrome”引擎。 遊戲設定在未來， 那時人類聯合成為一個統一的聯盟， 開始向外星開拓， 尋找天然資源和生存空間。 但是聯盟的首腦無意于擴張， 所以限制擴張派的行動， 並以土地相利誘。 但是一些組織還是在一個又一個吞併星球。 聯盟已經無法控制局面， 宇宙陷入一片混亂。 人類不可避免地陷入混亂狀態， 聯盟的首腦們接連被恐怖組織的改良基因的殺手殺死。 根據調查， 這種改良基因來自一個恐怖組織的科學實驗室。
玩家將扮演聯盟的精英快速反應部隊的一員，