到目前為止， 菲律賓政府軍從5月23日開始針對“穆特組織”武裝人員的交戰仍在繼續。
菲律賓武裝部隊發言人雷斯蒂圖托·帕迪利亞在30日發表聲明說， 政府軍與反政府武裝在菲南部棉蘭老島馬拉威市的激戰已造成超過100人死亡。 他呼籲當地殘餘的反政府武裝分子儘快向政府投降。
5月31日， 在菲律賓馬拉威市， 一名軍官與被營救的居民交談。 電力公司和約30個武裝分子發生槍戰。 在擊退敵人後， 軍方救出22名被武裝分子劫持了兩天的平民。 當天， 隨著軍方的挺進， 又有163名被困在城中的市民被陸陸續續安全送出城外。
在馬尼拉總統府29日舉行的記者會上， 菲律賓軍方發言人雷斯蒂圖托·帕迪利亞說， 除個別區域外， 軍方已幾乎控制馬拉威市。 目前仍有必要對個別區域進行空襲， 以確保清剿全部武裝分子， 預計戰事將很快結束。 西棉蘭老島司令部也對外宣佈，
前來增援的菲律賓海軍30日表示， 他們當天再次擊退一夥“穆特組織”殘餘分子， 擊斃其中8人， 剩餘者逃竄。 海軍繳獲兩個“伊斯蘭國”黑旗、18個重型武器， 還有一些軍警服。 名為羅恩·裡馬斯的少校告訴當地記者， 很可能一些武裝分子冒充軍警， 逃過檢查站。
同樣在30日， 菲律賓國家員警總長羅奈爾得·德拉·羅沙還確認23日進城的特種行動部隊曾遭到“穆特組織”的伏擊， 抵抗不力的突擊隊員最終決定撤退， 留下一載有武器的裝甲車被“穆特組織”奪取， 至今該裝甲車仍沒有蹤影。
根據菲軍方公佈的最新數字， 截至6月1日已有140人在戰鬥中喪生， 其中包括32名政府軍士兵和員警，