《火影忍者》自從尾田封筆以後， 連載了十五年的火影就宣告結束了。 儘管如今火影的故事還在繼續， 但已經不是尾田在畫， 故事也發生了不少變化， 忍者時代結束科技時代來臨， 當年的那些強者很多都已經老去。 博人傳動畫開篇就指出， 木葉即將受到攻擊， 鳴人也可能死去， 然而這場危機來自哪裡我們至今未知！
不過， 動畫一開始博人身邊就有不少“幽靈”事件發生， 所謂幽靈其實是博人給控制志乃黑影的稱呼。 火影忍者以前從來沒有出現過此類事件， 查克拉異變所選擇的物件與實力無關， 但是選擇他們都有一定的徵兆， 一般都是在他們心智不堅定十分失落的時候下手， 物件的實力暫時沒有看出限制， 從電氣這樣的普通人到志乃都被控制過， 鳴人他們已經展開了調查。
佐井出場就是不一樣， 一下子就查清楚了控制者的源頭。 在此前有人猜測， 巳月是受了大蛇丸的命令才有意接近博人， 現在看來完全不是那麼回事！真正在收集查克拉的來自火影忍者一個已經被遺忘的組織——暗部！團藏曾是暗部的首領， 後來暗部解散再無人問津， 那麼這次複出悄然歸來的暗部成員是誰？
相信有些火迷看過火影的火影忍者外傳《七代目火影與緋色的花月》吧？不出意外的話， 這個人便是裡邊的大反派宇智波信！宇智波信未成年的時候， 為了學習克隆技術， 曾經自願成為大蛇丸的實驗體之一。 大蛇丸在宇智波信身上移植了許多志村團藏在宇智波滅族事件中收集到的寫輪眼。
蛇叔都已經改邪歸正， 但是當年的那些傑作依舊在活躍， 這個時代果然是屬於他的呀！