洛克菲勒家族和中國的連接點， 最著名的莫過於北京協和醫學院。 這也是洛克菲勒基金會在海外單項撥款數目最大、時間延續最長的慈善援助項目。
洛克菲勒基金會于1913年成立， 首批捐資1億美元， 第二代繼承人小約翰為基金會主席。 老約翰一直想在中國辦一所培養綜合人才的大學， 為此先後於1908、1914、1915年三次派員來華考察。
考察團隊看到了在中國發展醫學教育的迫切性， 因此， 1915年， 基金會斥資20萬美元購買了北京“協和醫學堂”作為醫學院校址， 為符合“高標準”的規模， 又以12.5萬美元的價格另外購買了醫學堂附近的豫親王府。
起初， 建造預算100萬美元， 至1919年底， 建設學校費用竟已達750萬美元。 而超出的預算則要歸因於小約翰的一句“不惜代價”。
1921年， 學校建成開學， 小約翰從美國乘坐輪船， 在海上航行了一個多月後， 趕到中國出席開學典禮。
此後， 協和醫學院培養出林巧稚、吳階平、諸福堂等一批頂尖名醫，
協和醫學院成立之初， 中國沒有一所綜合性大學能夠達到協和期望的醫預系水準。 為此， 洛克菲勒基金會斥資捐助13所綜合性大學， 以提高其教學水準， 過程整整持續八年。 這其中最大的資助物件是當時中國的世界級一流大學——燕京大學。
此後， 洛克菲勒基金會在華投入領域再度擴展， 從與醫學有關的生物、化學、物理等學科， 延伸至考古學、遺傳學、農學、經濟學等學科的研究， 他們曾援助清華大學成立生物系， 並為清華大學生物館的建造捐助了一半經費41250美元；著名的周口店“北京人”挖掘和研究項目，