玄奘（602年~664年）， 唐代著名高僧， 法相宗創始人， 洛州緱氏（今河南洛陽偃師）人， 其先潁川人， 俗家姓名“陳禕（yī）”， 法名“玄奘”， 被尊稱為“三藏法師”， 後世俗稱“唐僧”， 與鳩摩羅什、真諦並稱為中國佛教三大翻譯家。
在他死後， 他的頂骨舍利被放在了陝西的紫閣寺塔， 但是後來隨著朝代的更迭， 在宋朝的時候由於紫閣寺塔荒蕪， 破敗不堪， 為此在宋朝的時候就有人將他的頂骨舍利帶到了金陵天禧寺供奉， 還特地在旁邊修建了一個三藏塔將玄奘的頂骨舍利埋葬在了塔底。
到了明朝的時候， 天禧寺早已敗落， 但是在明朝萬曆皇帝的時期， 朱棣在天禧寺的原址上修建了大報恩寺， 還在三藏塔墓前修建了三藏殿， 香火一直不斷， 直到清朝末期， 國家百姓生活在水深火熱之中， 各處農民起義， 戰火不斷。 在太平天國運動中， 大報恩寺受到了毀滅性的打擊， 從此消失在了人們的面前， 也因為這樣玄奘頂骨舍利從此消失在了人們的面前。
1943年， 日軍本想把發掘出的玄奘頂骨全部帶回日本， 但是因為中國許多愛國人士提出嚴重抗議， 最終未能如願。 南京大學哲學系教授楊維中介紹說：“當時汪精衛政府派出了白隆平與日方交涉， 日本又將靈骨還給了中國。 ” 那麼， 玄奘頂骨應該還在南京才對， 怎麼現在全國各地都聲稱供有玄奘頂骨舍利呢？包括天津、成都、西安等地， 甚至日本與南亞的某些國家也聲稱供有玄奘頂骨舍利， 這到底是怎麼回事呢？
據大島法師介紹， 頂骨舍利確實是1944年到達日本。 當時是日本佛教協會會長倉持秀峰親自到中國迎接頂骨舍利的。 其實日本慈恩寺的頂骨舍利並不僅僅只分給藥師寺一份， 在此之前， 慈恩寺就已將一份頂骨轉贈到了中國臺灣， 如今正保存在臺灣日月潭玄奘寺內。