一、什麼是轉錄組測序：
轉錄組測序的研究物件為特定細胞在某一功能狀態下所能轉錄出來的所有RNA的總和， 主要包括編碼RNA（mRNA）和非編碼RNA 。 轉錄組測序技術主要是針對轉錄產物mRNA進行高通量測序， 無需瞭解物種基因組資訊， 能夠全面快速地獲得某一物種特定組織或器官在某一狀態下的幾乎所有轉錄本序列資訊， 是基因功能及結構研究的基礎。 目前已廣泛應用於生物學基礎研究、臨床診斷和藥物研發等多個領域。
二、技術路線：
無參考基因組轉錄組測序
雖然高通量測序技術相比較于傳統測序技術有很大的進步，
無參考基因組的真核生物轉錄組專案可供選擇的技術平臺有454和Illumina， 獲得測序數據後， 首先進行原始資料質控並拼接組裝， 最後對所獲得的轉錄本進行功能注釋、差異表達基因篩選、SNP及SSR標記開發等分析， 該過程可以對沒有參考基因組的物種的轉錄組有一個全面的瞭解和認識；在此基礎上， 也可以對多個樣本進行差異表達基因篩選以及差異表達基因功能富集分析等， 可用于功能基因的挖掘， 為下一步的研究提供指引。
有參考基因組轉錄組測序
針對有參考基因組的物種， 轉錄組測序推薦選用Illumina測序平臺， 測序數據經過質控後和參考基因組進行比對， 對比對上參考基因組的reads進行計數， 統計基因的表達量後， 可進行差異表達基因分析以及差異基因功能富集分析（GO、KEGG分析）等；此外， 依據參考基因組， 還可進行基因覆蓋度、測序飽和度等驗證性分析， 以及進行可變剪切分析、融合基因分析、聯合miRNA資料進行關聯性分析等高級分析。 針對人、小鼠、擬南芥等模式生物， 還可進行蛋白網路構建等分析， 以進行基因功能地深入研究， 進一步揭示基因間互作網路等資訊， 為網路調控機理的研究提供方向。
轉錄組測序
三、技術優勢：
1、任意物種的全轉錄組分析：無需預先設計特異性探針， 因此無需瞭解物種基因或基因組資訊， 能夠直接對任何物種進行最全面的轉錄組分析；
2、覆蓋度高：數位化信號， 直接測定幾乎所有轉錄本片段的序列；
3、檢測閾值寬：跨越6個數量級的寬檢測閾值， 從幾個到數十萬個拷貝精確計數；
4、解析度高：可以檢測基因家族中相似基因及可變剪接造成的單堿基差異；
5、檢測範圍廣：從幾個到數十萬個拷貝精確計數， 可同時鑒定及定量正常和稀有的轉錄本。
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四、樣本要求：
樣品類型：去蛋白並進行DNase處理後的完整總RNA。
樣品需求量（單次）：植物和真菌樣品：≥20 μg；人、大鼠、小鼠樣品：≥5 μg；其他類型動物：≥10 μg；原核生物樣品：≥5μg。
樣品濃度：植物和真菌樣品：≥250 ng/μL；人、大鼠、小鼠樣品：≥65 ng/μL；其它 類型動物樣品：≥150 ng/μL；原核生物樣品：≥65 ng/μL。
樣品純度：真核：OD260/280 =1.8～2.2；OD260/230 ≥2.0；動物樣品：RIN ≥ 7.0， 植物樣品：RIN ≥6.5， 28S:18S ≥1.0；昆蟲樣本無此指標；原核生物樣品：OD260/280≥1.8；OD260/230 ≥1.8；RIN ≥6.0， 23S:16S≥1.0。
五、成功案例：
【案例一】：疫黴菌是對多種植物危害相當嚴重的一種致病菌， 通過對疫黴菌不同發育時期（菌絲、孢子、具有萌發管的萌動囊孢）的材料進行轉錄組測序及資料分析，
圖1 不同樣品中基因表達水準分佈 圖2 不同樣品中差異表達基因數量分佈
圖3 不同發育時期不同差異表達水準基因分佈
【案例二】：在水稻轉錄組測序專案中，
通過與水稻cDNA資料庫比對，發現了新的轉錄本主要是低豐度轉錄本。結果表明，相對于傳統方法，轉錄組測序能夠挖掘出更多的低豐度基因；
【案例三】：通過對不同發育時期的小鼠（成年雌性小鼠和胚齡17天的雌性小鼠） 進行轉錄組測序，研究大腦皮層基因的表達、可變剪接及編輯情況。差異基因表達分析結果表面在小鼠胚胎期以及成年期隨著腦部發育過程，大腦皮質基因表達存在一定的差異。
參考文獻：
[1] Chen X R, Xing Y P, Li Y P, et al. RNA-Seq Reveals Infection-Related Gene Expression Changes in Phytophthora capsici[J]. PloS one, 2013, 8(9): e74588.
[2] Liu M, Qiao G, Jiang J,et al. Transcriptome sequencing and de novo analysis for ma bamboo (Dendrocalamus latiflorus Munro) using the Illumina platform[J]. PloS one, 2012, 7(10): e46766.
[3] Han X J, Wang Y D, Chen Y C, et al. Transcriptome Sequencing and Expression Analysis of Terpenoid Biosynthesis Genes in Litsea cubeba[J]. PloS one, 2013, 8(10): e76890.
通過與水稻cDNA資料庫比對，發現了新的轉錄本主要是低豐度轉錄本。結果表明，相對于傳統方法，轉錄組測序能夠挖掘出更多的低豐度基因；
【案例三】：通過對不同發育時期的小鼠（成年雌性小鼠和胚齡17天的雌性小鼠） 進行轉錄組測序，研究大腦皮層基因的表達、可變剪接及編輯情況。差異基因表達分析結果表面在小鼠胚胎期以及成年期隨著腦部發育過程，大腦皮質基因表達存在一定的差異。
參考文獻：
[1] Chen X R, Xing Y P, Li Y P, et al. RNA-Seq Reveals Infection-Related Gene Expression Changes in Phytophthora capsici[J]. PloS one, 2013, 8(9): e74588.
[2] Liu M, Qiao G, Jiang J,et al. Transcriptome sequencing and de novo analysis for ma bamboo (Dendrocalamus latiflorus Munro) using the Illumina platform[J]. PloS one, 2012, 7(10): e46766.
[3] Han X J, Wang Y D, Chen Y C, et al. Transcriptome Sequencing and Expression Analysis of Terpenoid Biosynthesis Genes in Litsea cubeba[J]. PloS one, 2013, 8(10): e76890.