1 重視灌溉技術
在小型農田水利工程可持續發展運行機制中， 節水灌溉技術的應用有著非常重要的現實意義。 在工程具體運行過程中， 相關人員一定要採取行之有效的措施， 注重節約和高效利用灌溉用水。 通過這種方式， 一方面可以節省水資源， 另一方面對於農業污染狀況的解決也非常有利。 為此， 在小型農田水利工程運行和管理過程中， 要加大節水設施的投入和宣傳力度， 對於相關噴、滴灌工程也要引起重視， 使其合理發展。 在節約水資源的同時， 達到增加農民收入， 促進我國農業發展的目的。
2 強化農村環境污染治理
本文中所說的農村環境污染， 主要是指水污染。 近年來， 廣大農村地區水質破壞和污染問題越加嚴重。 致使水產養殖業受到衝擊， 在河面或者湖面， 經常看到因水污染死去的魚蝦漂浮其上， 並散發出難聞的異味。 凡此種種， 也直接影響到當地的空氣品質。 此外， 一些農村還存在不同程度的水土流失問題。 鑒於以上現象， 國家相關部門一定要加強農村環境的治理力度， 使小型農田水利工程可持續發展運行機制中， 環境的可持續發展得到有效保障。
3 加強政府的引導和扶持
在小型農田水利工程中， 政府主要是對前期工程建設進行引導和扶持， 在後期管理環節干預較少。 這種狀況是不利於可持續發展理念的實現的。
在此過程中， 政府可以通過政策、宣傳以及培訓等多種方式的有效結合， 對小型農田水利工程運行中的各環節進行把關和指導。 具體做法是制定相關扶持、補助以及獎勵政策， 促使小型農田水利工程不斷朝著良性方向發展。 同時， 還應加大工程管理的宣傳力度， 在廣大農民群眾中形成強大的感召力， 使農民積極參與到管理中。 我們知道， 在小型農田水利工程運行管理過程中， 相關管理者水準的高低非常重要。 因此， 政府宜定期組織培訓， 致力於相關管理人員技能的提升， 同時還要要嚴格持證上崗制度，
4 宣導農民自主管理
在小型農田水利工程中， 往往由農民充當管理者。 現階段， 我國的廣大農民的文化水準、科技知識以及管理能力和水平均有待提升。 然而， 在小型農田水利工程中， 以農民為主體的管理團隊也有一定優勢， 其對於工程的運行以及當地的環境都非常熟悉， 便於在管理過程中做出正確的決策， 有效保障了工程運行的方向和進度。 因此， 國建相關部門一定要致力於農民自主管理機制的建立， 並確保農民自主管理機制的有效落實。
5 建設和完善監管機制
在小型農田水利工程運行和管理中， 建設和完善相關監管機制非常重要。 這裡所說的監管機制針對的物件主要是工程管理單位， 監管體系具體應包含兩個方面， 一方面是針對工程管理單位內部的， 主要包括受益農戶及相關監事會；另一方面是針對工程管理單位外部的， 具體是指各縣、鄉鎮、村。 為更好地實現監管， 一定要嚴格遵循相應管理制度。 監管的時間可以採取固定和不固定相結合的方式， 同時要明確考核獎懲制度， 以此完善小型農田水利工程可持續發展運行機制。