海賊王表面上的主線故事用一句話來概括就是草帽海賊團的冒險故事， 間或的插進一些配角的故事或者回憶來補全世界觀或者讓故事更飽滿。
而路飛在偉大航路上的冒險經歷可以說是斷斷續續的， 就跟RPG遊戲一樣一關一關的打下來， 因此經常看到的說法是海賊王的故事是一段一段的。 這種節奏很容易讓人進入半途養書的狀態裡， 肯定不是好事。
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為了讓各個故事聯繫成一個整體， 尾田埋了一些東西在故事裡面， 經過相關系統的整體和分析以後， 我認為海賊王還埋了一條暗之主線。 尾田想用這條暗之主線， 把路飛的整個冒險揉合成一個巨大的史詩， 而草帽海賊團在偉大航路上所進行的冒險， 是在這條不變的主線之下所發現的各種插曲罷了。
割裂開的幾個故事和一個整體的內的分段劇情給人的感覺會完全不同， 而這條暗之主線也是尾田想做的真正的主線劇情所在。 而這個暗之主線就是“真實的歷史”。
草帽海賊團的船員基本都是受路飛邀請上船的， 而只有一個是主動加入的， 那就是“考古學家”尼克.羅賓。 其他人的職業都要麼是航海所必需的（航海士廚師船工醫生）， 要麼是船長想要的（狙擊手音樂家）。 為什麼尾田會安排這麼一個在完全沒有理由帶上的職業進入草帽海賊團的呢？為的肯定就是為了這條暗伏的主線。