美軍佩里級護衛艦服役後， 海軍一直希望對其進行全面改進。
由於預算有限， 美海軍僅將12艘佩里級（FFG-36、47、48~55、57、59）的技術水準， 提高至改進設計的英格拉漢號的同等標準。 1990年代後， 美國也只對這12艘較好的佩里級進行最完整的升級改進 。
相比英格拉漢號的MK-92 Mod.6作戰系統的後端使用兩部UYK-7電腦， 這12艘改用兩部UYK-43B來作為WCP與CCP運算處理子系統（另一說是WCP為UYK-43B而CCP為UYK-44）。
在1990年代後期， 美國海軍對這12艘佩里級的SYS-2進行現場改裝項目（Field Change 2）， 加入一套名為目標跟蹤資訊處理系統(Track Management System， TMS)的元件。
1999年1月， 這12艘佩里級又完成了快速反導彈整體防衛系統(Rapid Antiship Integrated Defense System， RAIDS)改進計畫， 在現有戰鬥系統架構之上增加一套AN/SYQ-17套件， 以一部採用Intel 80X86處理器的主機為核心（軟體由C語言撰寫）， 通過EtherNet區域網路將MK-92、SLQ-32電戰系統等連結在一起， 可根據作戰系統、雷達、電戰系統獲得的資訊， 加上敵我相對位置變化、風向等參數， 進而向人員提出戰術動作建議（包改變航向、干擾裝備的發射等）。
這批佩里級的SQS-56聲納在1990年代也經過EC-10程式改進， 加裝與SQS-53C相同的淺水主動偵察探測套件(SWAK)以及王魚避雷聲納。
在1990年代陸續以商用電腦技術改進之後， 這12艘佩里級的JTDS作戰系統架構已通過原先的集中式進步到半分散式。
這批佩里級還進一步將SPS-49雷達升級為SPS-49A(V)1， 並換裝性能大幅提高且能對付慢速低空/水面目標的MK-15 Block 1B改進型方陣近迫武器系統。 到了2000年之後， 美國海軍就只保留這12艘擁有最新戰系規格的佩里級， 其餘則陸續退役。